Arrêt maladie d'un agent public pendant ses congés : quelles sont les règles ?

Vue d'ensemble

Ce qu'il faut retenir sur l'arrêt maladie d'un agent public pendant ses congés : annulation du congé annuel, report des jours non pris, limite de 4 semaines et indemnité compensatrice en cas de départ.

Cette synthèse ne détaille pas les règles de fond de chaque congé pour raison de santé ni les conditions propres à chaque versant de la fonction publique.

Rappel : maladie pendant les congés annuels

Un agent public qui tombe malade pendant une période de congé annuel est placé en congé de maladie sur présentation d'un arrêt de travail.

L'arrêt de travail doit être établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme. Le congé de maladie annule le congé annuel.

• Placement en congé de maladie : sur présentation d'un arrêt de travail établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme.
• Effet : le congé de maladie annule le congé annuel.
• Suite : les jours annulés peuvent être pris à une date ultérieure.

Lorsque l'agent ne peut pas prendre tout ou partie de ses congés annuels en raison de congés pour raison de santé, il a droit au report automatique des congés annuels restant dus.

Quels congés ouvrent droit au report ?

Le report des congés annuels est ouvert au titre de certains congés pour raison de santé, dont la liste varie selon le statut de l'agent.

Les congés pour raison de santé ouvrant droit au report sont énumérés par la réglementation et diffèrent selon que l'agent est fonctionnaire ou contractuel.

• Fonctionnaire : congés de maladie, de longue maladie (CLM) ou de longue durée (CLD), congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis), disponibilité d'office pour raison de santé.
• Contractuel : congés de maladie ou de grave maladie, congé pour accident du travail ou maladie professionnelle, congé de maladie non rémunéré.

La distinction entre fonctionnaires et contractuels commande l'identification des congés pour raison de santé susceptibles d'ouvrir droit au report des congés annuels.

La période de report de 15 mois

Le droit au report des congés annuels non pris s'exerce sur une période de 15 mois.

La période de 15 mois peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle du chef de service.

• Durée du report : période de 15 mois.
• Prolongation : possible sur autorisation exceptionnelle du chef de service.
• Information de l'agent : dans le mois suivant la reprise de fonctions.

L'information délivrée dans le mois suivant la reprise porte à la fois sur le nombre de jours reportés et sur la date limite pour les prendre.

Comment se compte la période de report ?

Le point de départ de la période de report de 15 mois dépend de l'origine des congés annuels reportés et de la date de l'information délivrée à l'agent.

Les congés annuels reportables sont les congés acquis avant la mise en congé pour raison de santé et les congés acquis pendant le congé pour raison de santé ou le congé lié aux responsabilités parentales ou familiales.

• Congés acquis avant la mise en congé pour raison de santé.
• Congés acquis pendant le congé pour raison de santé.
• Congés acquis pendant un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales.

Dans ce dernier cas, lors de votre reprise de fonctions, la période de report de 15 mois, si elle n'est pas terminée, est suspendue jusqu'à ce que vous ayez reçu l'information sur le nombre de jours reportés et la date limite pour les prendre.

Limite de 4 semaines et perte des jours

Le report des congés annuels est plafonné et le défaut de prise dans la période impartie entraîne leur perte.

Le nombre de jours de congés annuels qui peuvent être reportés est limité à 4 semaines.

• Plafond de report : 4 semaines.
• Non-prise dans la période : perte des jours.
• Exception : départ définitif de la fonction publique, ouvrant droit à indemnité compensatrice.

Si vous êtes absent sur plusieurs années consécutives, les congés non pris à la fin de chaque période de report de 15 mois sont perdus.

Départ de la fonction publique : indemnité compensatrice

Lorsque l'agent quitte définitivement la fonction publique sans avoir pu prendre ses congés annuels, ceux-ci donnent lieu à une indemnité compensatrice.

Le droit à indemnité s'applique quel que soit le motif du départ : retraite, démission, fin de contrat, etc.

• Motifs : retraite, démission, fin de contrat, etc.
• Plafond indemnisable : 4 semaines maximum.
• Information : l'administration indique le nombre de jours non utilisés ou reportés indemnisables.

L'indemnité compensatrice a vocation à compenser les congés annuels non pris à l'occasion de la fin définitive de la relation de travail avec la fonction publique.

Comment est calculée l'indemnité compensatrice ?

L'indemnisation d'un jour de congé annuel non pris repose sur une formule de calcul déterminée.

L'indemnité compensatrice de congés annuels est soumise aux mêmes cotisations que votre rémunération.

Rémunération prise en compte et éléments exclus

La rémunération servant de base au calcul de l'indemnité compensatrice obéit à des règles précises d'assiette.

La rémunération mensuelle brute prise en compte est égale à la dernière rémunération versée lors du dernier mois complet d'exercice effectif de vos fonctions. Elle tient compte éventuellement des évolutions de situation statutaire ou indemnitaire intervenues entre la dernière date d'exercice effectif et la date de fin de relation de travail.

• Inclus : traitement indiciaire.
• Inclus : indemnité de résidence.
• Inclus : supplément familial de traitement (SFT).
• Inclus : primes et indemnités.

L'assiette repose ainsi sur la dernière rémunération de référence, sans y intégrer les versements dont le caractère est exceptionnel ou non directement lié à l'emploi.

Éléments de rémunération exclus du calcul

Plusieurs éléments de rémunération sont exclus de l'assiette servant au calcul de l'indemnité compensatrice de congés annuels.

• Versements exceptionnels ou occasionnels, notamment liés à l'appréciation individuelle ou collective de la manière de servir.
• Remboursement de frais.
• Participations au financement des garanties de la protection sociale complémentaire.
• Versements exceptionnels ou occasionnels liés aux indemnités relatives aux primo-affectations, aux mobilités et aux réorganisations, et toutes autres indemnités de même nature.
• Majorations et indexations liées à une affectation outre-mer, lorsque leur versement est interrompu avant la fin de la relation de travail.
• Indemnité de résidence à l'étranger lorsque son versement est interrompu avant la fin de la relation de travail.
• Indemnités versées en contrepartie d'une activité accessoire et autres indemnités non directement liées à l'emploi.
• Versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique.
• Indemnités liées à l'organisation du travail et au dépassement effectif du cycle de travail.

Cette liste d'exclusions délimite précisément l'assiette de calcul : seuls les éléments de rémunération liés à l'emploi et versés de manière régulière y sont intégrés.

Ce qu'il faut retenir en pratique

Quelques réflexes permettent à l'agent de suivre le report de ses congés annuels et de préserver ses droits.

• Transmettre à l'administration un arrêt de travail conforme en cas de maladie pendant les congés annuels.
• Constater l'annulation du congé annuel et le placement en congé de maladie.
• Attendre l'information écrite de l'administration dans le mois suivant la reprise de fonctions.
• Vérifier le nombre de jours reportés et la date limite pour les prendre.
• Prendre les jours reportés avant la fin de la période de report de 15 mois.
• En cas de départ définitif, demander à l'administration l'indemnisation des jours non pris.

• Conserver les justificatifs liés à l'arrêt de travail et à la reprise.
• Surveiller le plafond de 4 semaines applicable au report.
• Interroger l'administration en cas de doute sur la date limite de prise des congés reportés.

Le placement en congé de maladie, le report automatique des congés annuels restant dus et la possibilité d'une indemnité compensatrice au départ définitif constituent les garanties principales prévues pour l'agent public.