Non, l'agent public qui n'a pas pu prendre tout ou partie de ses congés annuels en raison d'un congé pour raison de santé bénéficie d'un report automatique de ces congés, dans la limite de quatre semaines sur une période de quinze mois. Cette règle s'applique aux fonctionnaires et aux contractuels, dans les trois fonctions publiques : État, territoriale et hospitalière.
La fiche officielle Un agent public perd-t-il les congés annuels non pris pour cause de maladie ? précise les absences concernées, les modalités de report et les exceptions. Elle rappelle que les congés reportés non pris à l'expiration de la période de quinze mois sont perdus, sauf départ définitif de la fonction publique. Elle indique aussi qu'aucun congé annuel n'est acquis pendant un congé de maladie non rémunéré.
Réponse en bref
L'agent public qui n'a pas pu prendre ses congés annuels à cause d'un congé pour raison de santé bénéficie d'un report automatique. Le report est limité à quatre semaines. Il s'applique sur une période de quinze mois.
La période de quinze mois commence à des dates différentes selon que le congé annuel a été interrompu avant ou après sa prise. Pour les congés annuels non pris avant la mise en congé pour raison de santé, la période débute à la date de reprise des fonctions. Pour les congés annuels non pris après le congé pour raison de santé, la période débute au plus tard à la fin de l'année pour laquelle le congé annuel est dû.
Les congés reportés non pris à l'expiration de la période de quinze mois sont perdus et ne donnent lieu à aucune indemnité compensatrice, sauf en cas de départ définitif de la fonction publique. Dans ce cas, une indemnité compensatrice peut être versée, dans la limite de quatre semaines.
Le droit à congé annuel des agents publics
Les agents publics bénéficient d'un droit à congé annuel. La durée dépend de la fonction publique, du statut et de l'organisation du travail. Elle est généralement exprimée en jours ouvrables ou en jours ouvrés.
Le congé annuel doit être pris. Les congés non pris au 31 décembre peuvent être reportés sur décision de l'administration employeur ou, sous certaines conditions, versés sur un compte épargne-temps. Le report pour cause de maladie obéit à des règles spécifiques.
Le droit à congé annuel est un droit statutaire. L'agent ne peut pas y renoncer. L'administration doit organiser la prise des congés en tenant compte des nécessités du service. Un refus systématique peut être contesté.
Le congé annuel est distinct des autres absences : maladie, maternité, parental, formation. Chaque type d'absence a son régime. La confusion entre les régimes est une source fréquente d'erreur.
L'organisation et la prise des congés
La prise des congés est organisée par l'administration. Elle tient compte des nécessités du service, des souhaits des agents et des règles applicables. Un calendrier peut être établi, notamment dans les services qui doivent assurer une continuité.
L'agent doit déposer sa demande selon les modalités prévues. Une demande tardive peut être refusée si elle désorganise le service. Une demande anticipée a plus de chances d'être acceptée.
Les congés peuvent être fractionnés, dans les conditions prévues par les textes. Le fractionnement peut permettre de concilier les contraintes personnelles et professionnelles. Il peut aussi faciliter la prise des congés reportés.
L'administration doit informer les agents de leurs droits et des périodes de prise. Une information claire évite les pertes de congés et les litiges.
Le rôle du chef de service
Le chef de service joue un rôle central. Il organise la prise des congés, accorde ou refuse les demandes et peut autoriser une prolongation exceptionnelle de la période de report. Il doit respecter les textes et les principes d'équité.
Le chef de service peut refuser une demande pour nécessités de service, mais il doit motiver sa décision. Un refus répété et injustifié peut être contesté. L'agent peut demander un entretien et exposer ses contraintes.
Le chef de service doit également veiller à ce que les agents prennent leurs congés. Une accumulation anormale de congés non pris peut révéler un problème d'organisation ou de surcharge.
La décision du chef de service peut être contestée par la voie hiérarchique ou, le cas échéant, devant le juge administratif. Les délais et les modalités doivent être vérifiés.
Le calcul du solde de congés
Le solde de congés dépend de la durée du travail, de la période de référence et des absences. Les agents à temps partiel acquièrent des congés au prorata. Les agents en congé de maladie peuvent voir leur solde évoluer selon les règles applicables.
Le service des ressources humaines tient normalement un compte individuel. L'agent peut demander un relevé et vérifier les dates, les durées et les reports. Une erreur de saisie peut avoir des conséquences sur la perte ou l'indemnisation des congés.
Le calcul peut être complexe lorsque l'agent a changé de service, de fonction publique ou de statut. Il faut alors reconstituer l'ensemble des périodes et appliquer les règles de chaque régime.
Un tableau de suivi personnel peut aider l'agent à anticiper. Il peut y noter les congés acquis, pris, reportés et perdus. Cette vigilance est particulièrement utile à l'approche de la retraite.
Les recours
En cas de désaccord sur le solde, le report ou l'indemnité, l'agent peut d'abord demander une explication écrite à son service des ressources humaines. Une réponse écrite permet de comprendre le calcul et de corriger une éventuelle erreur.
Si le désaccord persiste, l'agent peut saisir la voie hiérarchique, puis le juge administratif. Il peut être assisté par un représentant du personnel, un syndicat ou un avocat. La procédure et les délais doivent être respectés.
Le juge peut annuler une décision illégale et condamner l'administration à verser une indemnité. Il peut aussi enjoindre à l'administration de reconstituer le solde de congés.
Il est recommandé de conserver toutes les pièces : demandes, réponses, relevés, notifications, arrêts de travail. La preuve est essentielle dans ce type de litige.
Le principe du report automatique
Le report est automatique. L'agent n'a pas à en faire la demande. Il bénéficie du report dès lors qu'il remplit les conditions, c'est-à-dire qu'il n'a pas pu prendre ses congés en raison d'un congé pour raison de santé.
Cette automaticité est une protection. Elle évite que l'agent perde ses congés parce qu'il était malade au moment où il aurait dû les prendre. Elle tient compte de la spécificité de la maladie, qui peut empêcher l'agent de programmer ou de prendre ses congés.
Le report ne concerne que les congés annuels non pris pour cause de maladie. Il ne s'applique pas aux congés non pris pour d'autres raisons, notamment les nécessités de service, qui relèvent d'autres règles. Il ne s'applique pas non plus aux jours de réduction du temps de travail, sauf disposition spécifique.
Le report est limité à quatre semaines. Au-delà, les congés ne sont pas reportés. Cette limite est importante : elle signifie que l'agent ne peut pas accumuler indéfiniment des congés non pris.
Les absences concernées
Pour un fonctionnaire, les absences qui ouvrent droit au report sont le congé de maladie, le congé de longue maladie, le congé de longue durée et le congé pour invalidité temporaire imputable au service.
Pour un contractuel, les absences concernées sont le congé de maladie, le congé de grave maladie, le congé pour accident du travail ou maladie professionnelle et le congé de maladie non rémunéré.
Ces listes sont précises. Elles ne couvrent pas toutes les absences. Un congé parental, un congé sabbatique ou une disponibilité ne relèvent pas du même régime. Il faut donc vérifier la nature de l'absence avant de demander un report.
Les congés annuels qui peuvent être reportés sont ceux qui n'ont pas été pris avant la mise en congé pour raison de santé, et ceux qui n'ont pas été pris après le congé pour raison de santé. La distinction est importante pour déterminer le point de départ de la période de quinze mois.
Le point de départ de la période de quinze mois
Pour les congés annuels non pris avant la mise en congé pour raison de santé, la période de quinze mois débute à partir de la date de reprise des fonctions. L'agent dispose donc de quinze mois après sa reprise pour prendre les congés reportés.
Pour les congés annuels non pris après le congé pour raison de santé, la période de quinze mois débute au plus tard à la fin de l'année pour laquelle le congé annuel est dû. Cette règle tient compte du cycle annuel des congés.
La période de quinze mois peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle du chef de service. Cette prolongation n'est pas automatique. Elle suppose une demande et une décision favorable.
Le calcul des dates peut être complexe lorsque l'agent enchaîne plusieurs absences. Il est recommandé de demander un relevé de ses droits et de vérifier les dates avec le service des ressources humaines.
La perte des congés reportés
Si l'agent ne prend pas les congés reportés dans la période de quinze mois, ils sont perdus. Ils ne donnent lieu à aucune indemnité compensatrice. Cette règle est stricte : elle incite l'agent à prendre ses congés dans le délai.
Il existe une exception : le départ définitif de la fonction publique. Dans ce cas, l'agent qui n'a pas pu prendre ses congés en raison des nécessités de service peut bénéficier d'une indemnité compensatrice, dans la limite de quatre semaines.
L'exception ne couvre pas toutes les situations. Elle suppose un départ définitif et des congés non pris pour nécessités de service. Un agent qui part à la retraite, démissionne ou termine son contrat peut être concerné, selon les conditions.
Les congés non pris à la fin de chaque période de report de quinze mois sont perdus. Il ne faut donc pas attendre le départ pour s'en préoccuper.
L'indemnité compensatrice
Lorsque l'agent quitte la fonction publique sans avoir pu prendre tous ses congés annuels en raison des nécessités de service, ces congés donnent lieu à une indemnité compensatrice, dans la limite de quatre semaines.
La rémunération mensuelle brute prise en compte est égale à la dernière rémunération versée lors du dernier mois complet d'exercice effectif des fonctions. Elle tient compte des évolutions de la situation statutaire ou indemnitaire intervenues entre la dernière date d'exercice effectif et la date de fin de la relation de travail.
Elle comprend le traitement indiciaire, l'indemnité de résidence, le supplément familial de traitement et les primes et indemnités. Certains éléments ne sont pas pris en compte : versements exceptionnels ou occasionnels, remboursement de frais, participations au financement des garanties de protection sociale complémentaire, indemnités liées à la primo-affectation, aux mobilités et aux restructurations, majorations et indexations liées à une affectation outre-mer, indemnité de résidence à l'étranger, indemnités versées en contrepartie d'une activité accessoire, versements exceptionnels liés à un fait générateur unique, indemnités liées à l'organisation du travail et au dépassement du cycle de travail.
L'indemnité est calculée selon la formule suivante : rémunération mensuelle brute multipliée par douze, divisée par 250. Le nombre 250 correspond au nombre moyen de jours ouvrés dans une année. L'indemnité est soumise aux mêmes cotisations que la rémunération.
Le compte épargne-temps et les autres règles
Le compte épargne-temps permet à l'agent d'accumuler des jours de congés ou de repos en vue d'une utilisation ultérieure. Les règles d'alimentation, de plafond et d'utilisation varient selon la fonction publique et les textes applicables.
Le compte épargne-temps ne se confond pas avec le report pour cause de maladie. Il peut toutefois offrir une solution complémentaire pour conserver des jours non pris. L'agent doit vérifier s'il est éligible et quelles sont les modalités.
Les jours épargnés peuvent être utilisés pour un congé, une cessation progressive d'activité ou, dans certains cas, une indemnisation. Les conditions doivent être vérifiées auprès du service des ressources humaines.
Le compte épargne-temps ne permet pas de contourner la limite de quatre semaines du report pour maladie. Il est un dispositif distinct, avec ses propres règles.
Ce qui n'est pas reporté
Le report pour cause de maladie ne couvre pas tous les congés. Les congés non pris pour d'autres motifs, notamment les nécessités de service, relèvent d'autres règles. Les jours de RTT, les jours de fractionnement et les repos compensateurs peuvent avoir des régimes spécifiques.
Le report ne couvre pas non plus les congés non pris parce que l'agent a renoncé à les poser. L'agent doit être en mesure de démontrer qu'il n'a pas pu prendre ses congés en raison d'un congé pour raison de santé.
Les congés non pris pendant un congé de maladie non rémunéré ne sont pas acquis. La fiche officielle précise qu'aucun congé annuel n'est acquis pendant un congé de maladie non rémunéré. Il faut donc distinguer l'acquisition et le report.
Ces distinctions sont importantes pour calculer le solde et éviter les erreurs. Un agent qui pense avoir droit à un report peut se voir opposer une règle différente si l'absence n'entre pas dans le champ.
Les différences entre les trois fonctions publiques
Les règles sont proches dans les trois fonctions publiques, mais les textes de référence diffèrent. Pour la fonction publique d'État, les articles 5-1 et 5-2 du décret n°84-972 du 26 octobre 1984 sont cités. Pour la fonction publique territoriale, les articles 5-1 et 5-2 du décret n°85-1250 du 26 novembre 1985. Pour la fonction publique hospitalière, les articles 4-1 et 4-2 du décret n°2002-8 du 4 janvier 2002.
Les arrêtés du 21 juin 2025 précisent les modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail, pour chacune des trois fonctions publiques.
Les agents doivent donc se référer aux textes applicables à leur fonction publique et à leur situation. Les règles peuvent être complétées par des circulaires ou des notes internes.
Les démarches à effectuer
La première démarche est de vérifier son solde de congés annuels. L'agent peut demander un relevé à son service des ressources humaines ou consulter son espace personnel.
La deuxième est d'identifier les congés non pris pour cause de maladie. Il faut distinguer les congés non pris avant et après le congé pour raison de santé, car le point de départ de la période de quinze mois diffère.
La troisième est de planifier la prise des congés reportés. L'agent doit déposer ses demandes dans les délais et vérifier les dates de début et de fin de la période de quinze mois.
La quatrième est de conserver les justificatifs : arrêts de travail, notifications, relevés de congés, échanges avec le service RH. Ces documents sont utiles en cas de litige.
La cinquième est de demander une indemnité compensatrice en cas de départ définitif, si les conditions sont remplies. La demande doit être formulée avant la fin de la relation de travail.
Cas particuliers
Les agents en congé de longue maladie ou de longue durée peuvent bénéficier du report dans les mêmes conditions que les autres fonctionnaires. Les périodes d'absence sont prises en compte pour déterminer les congés non pris.
Les contractuels en congé de grave maladie ou en congé pour accident du travail ou maladie professionnelle peuvent également bénéficier du report. Les règles sont précisées par leur décret.
Les agents à temps partiel acquièrent des congés au prorata de leur durée du travail. Le report s'applique dans les mêmes limites. Il faut vérifier le solde et les dates.
Les agents qui changent de fonction publique ou d'employeur peuvent voir leurs droits transférés ou recalculés. Un point avec le service RH est nécessaire.
Erreurs fréquentes
La première erreur est de croire que les congés non pris sont automatiquement indemnisés. Ils sont perdus à l'expiration de la période de quinze mois, sauf départ définitif.
La deuxième est de confondre les congés non pris pour cause de maladie avec les congés non pris pour nécessités de service. Les régimes sont différents.
La troisième est de ne pas vérifier le point de départ de la période de quinze mois. Il dépend de la situation et peut être mal calculé.
La quatrième est de négliger la demande de prolongation exceptionnelle. Elle peut être accordée par le chef de service, mais elle doit être demandée.
La cinquième est de ne pas conserver les justificatifs. En cas de contestation, la preuve de l'absence et des demandes est essentielle.
FAQ
Quelles absences ouvrent droit au report ?
Pour un fonctionnaire : congé de maladie, congé de longue maladie, congé de longue durée et congé pour invalidité temporaire imputable au service. Pour un contractuel : congé de maladie, congé de grave maladie, congé pour accident du travail ou maladie professionnelle et congé de maladie non rémunéré.
Quelle est la durée maximale du report ?
Quatre semaines.
Quelle est la durée de la période de report ?
Quinze mois. Elle peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle du chef de service.
Les congés reportés non pris sont-ils perdus ?
Oui, à l'expiration de la période de quinze mois, sauf départ définitif de la fonction publique.
Une indemnité est-elle versée en cas de départ ?
Oui, lorsque l'agent quitte la fonction publique sans avoir pu prendre ses congés en raison des nécessités de service, dans la limite de quatre semaines.
Comment est calculée l'indemnité compensatrice ?
La rémunération mensuelle brute est multipliée par douze, puis divisée par 250. Certains éléments de rémunération sont exclus.
Les contractuels bénéficient-ils des mêmes règles ?
Oui, dans les conditions prévues par leur décret. Les absences concernées et les modalités peuvent différer légèrement.
Le report s'applique-t-il aux jours de RTT ?
Le report pour cause de maladie prévu par la fiche officielle porte sur les congés annuels. Les jours de RTT et les autres jours de repos peuvent avoir des règles distinctes. Il faut vérifier les textes applicables à chaque dispositif.
L'agent doit-il demander le report ?
Le report est automatique lorsque les conditions sont remplies. L'agent n'a pas à en faire la demande, mais il doit vérifier son solde et planifier la prise des jours reportés dans le délai de quinze mois.
Ce qu'il faut retenir
L'agent public ne perd pas automatiquement ses congés annuels non pris pour cause de maladie. Il bénéficie d'un report automatique de quatre semaines sur quinze mois. Les congés reportés non pris dans ce délai sont perdus, sauf départ définitif de la fonction publique, qui peut ouvrir droit à une indemnité compensatrice.
La gestion de ces droits suppose de connaître les dates, de conserver les justificatifs et de planifier la prise des congés. Un agent qui approche de la fin de la période de quinze mois doit agir sans attendre. Le service des ressources humaines peut l'aider à reconstituer son solde et à calculer ses droits. Un point annuel avec le service RH permet de détecter les reports oubliés et d'éviter une perte de droits en fin de période. L'agent peut ainsi exercer son droit au repos dans de bonnes conditions.
Sources
- Service-Public.gouv.fr — Un agent public perd-t-il les congés annuels non pris pour cause de maladie ? (F12392)
- Légifrance — Code général de la fonction publique, articles L621-1 à L621-3
- Légifrance — Décret n°84-972 du 26 octobre 1984, articles 5-1 et 5-2
- Légifrance — Décret n°85-1250 du 26 novembre 1985, articles 5-1 et 5-2
- Légifrance — Décret n°2002-8 du 4 janvier 2002, articles 4-1 et 4-2
- Fonction publique — Congés annuels
Information à vérifier auprès de l'organisme compétent. Les règles et modalités peuvent évoluer.
