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Salarié en arrêt maladie à la fin du congé parental d'éducation : quelles sont les règles ?

Un salarié qui tombe malade à la fin de son congé parental d'éducation continue de bénéficier des indemnités journalières et du remboursement de ses frais de…

Publié le 25/10/2026 · Mis à jour le 02/11/2026 · 15 min de lecture

Salarié en arrêt maladie à la fin du congé parental d'éducation : quelles sont les règles ?

Photo : fancycrave1 / Pixabay — Pixabay Content License · Licence Pixabay Content License

Un salarié qui tombe malade à la fin de son congé parental d'éducation continue de bénéficier des indemnités journalières et du remboursement de ses frais de santé pendant toute la durée de son arrêt. La situation diffère selon que l'arrêt intervient avant la reprise du travail ou après. Lorsque l'arrêt survient après la reprise, à la suite d'un congé parental à temps plein, les indemnités journalières sont versées dans les douze mois qui suivent la fin du congé parental, en tenant compte des droits ouverts avant le départ en congé.

La fiche officielle Salarié en arrêt maladie à la fin du congé parental d'éducation : quelles sont les règles ? distingue plusieurs configurations. Elle rappelle que le congé parental à temps partiel suit des règles différentes du congé parental à temps plein. Elle précise aussi le cas où le salarié ne peut pas reprendre le travail à cause de la maladie : les droits sont alors ouverts sans condition de délai de douze mois.

Réponse en bref

Un salarié en arrêt maladie à la fin de son congé parental d'éducation, à temps plein ou à temps partiel, bénéficie des indemnités journalières et du remboursement de ses frais de santé pendant toute la durée de l'arrêt. C'est le principe posé par la fiche officielle.

Lorsque l'arrêt survient après la reprise du travail, au sortir d'un congé parental à temps plein, les indemnités journalières sont versées dans les douze mois qui suivent la fin du congé parental. Le calcul tient compte des droits ouverts avant le départ en congé.

Lorsque le salarié ne peut pas reprendre le travail à cause d'une maladie à la fin du congé parental, les indemnités journalières et le remboursement des frais de santé sont versés pendant toute la durée de l'arrêt, sans condition de délai de douze mois.

Pour un congé parental à temps partiel, les indemnités journalières et le remboursement des frais de santé sont versés dans les conditions habituelles pendant toute la durée de l'arrêt maladie.

Le congé parental d'éducation en quelques mots

Le congé parental d'éducation permet à un salarié de suspendre ou de réduire son activité pour s'occuper de son enfant. Il peut être à temps plein ou à temps partiel. Pendant le congé à temps plein, le contrat de travail est suspendu. Pendant le congé à temps partiel, le salarié continue de travailler à temps réduit.

Le congé parental n'est pas rémunéré par l'employeur, sauf disposition conventionnelle plus favorable. Le salarié peut percevoir une prestation familiale, notamment la prestation partagée d'éducation de l'enfant, versée par la caisse d'allocations familiales ou la mutualité sociale agricole. Les règles de cette prestation sont distinctes de celles de l'assurance maladie.

À la fin du congé, le salarié retrouve son emploi ou un emploi similaire. La reprise peut être accompagnée d'une visite médicale, notamment si le salarié a été absent longtemps ou si son état de santé le justifie. L'employeur doit organiser cette reprise.

La maladie peut survenir avant la reprise, pendant la reprise ou après. Chaque configuration a ses conséquences sur les droits à l'assurance maladie. C'est l'objet de la fiche officielle.

L'arrêt maladie avant la reprise du travail

Lorsque le salarié tombe malade avant la date de reprise prévue, il est encore en congé parental. Son contrat de travail est suspendu. L'arrêt maladie se superpose à cette suspension. Le salarié bénéficie des indemnités journalières et du remboursement des frais de santé pendant toute la durée de l'arrêt.

La fiche officielle ne limite pas ce droit à douze mois dans cette configuration. Elle indique que les indemnités et le remboursement sont versés pendant toute la durée de l'arrêt maladie. Cela signifie que le salarié n'a pas à attendre la fin du congé parental pour ouvrir ses droits.

Il faut toutefois remplir les conditions habituelles de l'assurance maladie : être affilié, avoir un arrêt prescrit par un médecin, respecter les obligations déclaratives. L'arrêt doit être transmis à la caisse et à l'employeur dans les délais prévus.

La période d'arrêt peut chevaucher la fin du congé parental. Si l'arrêt se prolonge après la date de reprise, le salarié reste en arrêt maladie et continue de percevoir ses indemnités selon les règles applicables. La reprise est reportée à la fin de l'arrêt.

L'arrêt maladie après la reprise, congé parental à temps plein

La situation la plus délicate est celle de l'arrêt maladie qui survient après la reprise du travail, à la suite d'un congé parental à temps plein. La fiche officielle prévoit une règle spécifique : les indemnités journalières sont versées dans les douze mois qui suivent la fin du congé parental, en tenant compte des droits ouverts avant le départ en congé.

Cette règle s'explique par la logique de l'assurance maladie. Pendant le congé parental à temps plein, le salarié ne travaille pas et ne cotise pas de la même manière. Les droits ouverts avant le congé peuvent être mobilisés après la reprise, dans une fenêtre de douze mois. La fiche officielle précise que le calcul tient compte de ces droits antérieurs.

Concrètement, le salarié qui reprend le travail puis tombe malade dans les douze mois peut bénéficier des indemnités journalières. Le montant dépend des droits ouverts avant le congé parental, et non nécessairement du salaire de la nouvelle période. Il faut donc conserver les justificatifs de la période antérieure.

Passé le délai de douze mois, les règles habituelles s'appliquent. Le salarié peut bénéficier des indemnités s'il remplit les conditions de droit commun, notamment une durée minimale d'affiliation et de cotisation. La situation doit être vérifiée avec la caisse.

L'arrêt maladie après la reprise, congé parental à temps partiel

Le congé parental à temps partiel ne suspend pas totalement le contrat. Le salarié continue de travailler à temps réduit et de cotiser. Les règles sont donc différentes.

La fiche officielle indique que, si le salarié est en congé parental à temps partiel, il bénéficie des indemnités journalières et du remboursement des frais de santé dans les conditions habituelles, pendant toute la durée de l'arrêt maladie. Il n'y a pas de fenêtre de douze mois spécifique.

Cette différence s'explique par la continuité de l'activité. Le salarié à temps partiel reste affilié et cotise pendant son congé. Il n'a pas besoin de mobiliser des droits antérieurs de la même manière. Les conditions habituelles de l'assurance maladie s'appliquent.

Le salarié doit néanmoins déclarer son arrêt et respecter les obligations. L'employeur doit être informé. La caisse peut demander des justificatifs. Le calcul des indemnités tient compte du salaire à temps partiel, selon les règles applicables.

L'impossibilité de reprendre le travail

La fiche officielle prévoit un cas particulier : l'impossibilité de reprendre le travail à cause d'une maladie à la fin du congé parental. Dans cette situation, les indemnités journalières et le remboursement des frais de santé sont versés pendant toute la durée de l'arrêt maladie, sans condition de délai de douze mois.

Cette règle protège le salarié qui ne peut pas reprendre son poste pour des raisons de santé. Elle évite qu'il se retrouve sans ressources au motif que le délai de douze mois n'est pas respecté. La maladie doit être médicalement constatée et l'arrêt doit être pris en charge par l'assurance maladie.

Le salarié doit informer son employeur et la caisse. Il peut être convoqué à une visite médicale. Le médecin du travail peut être saisi pour évaluer l'aptitude et proposer des aménagements. La reprise peut être reportée ou adaptée.

Si l'arrêt se prolonge au-delà de la période couverte par les indemnités, le salarié peut basculer vers d'autres dispositifs, notamment une pension d'invalidité ou une reconnaissance de la qualité de travailleur handicapé. Ces dispositifs ont leurs propres conditions.

Les conditions d'ouverture des droits

Pour bénéficier des indemnités journalières, le salarié doit remplir les conditions de l'assurance maladie. Il doit être affilié, avoir cotisé ou avoir des droits ouverts, et présenter un arrêt de travail prescrit par un médecin. Les conditions précises dépendent du régime et de la situation.

La période de congé parental peut avoir une incidence sur ces conditions. Pendant un congé parental à temps plein, le salarié ne perçoit pas de salaire de l'employeur et ne cotise pas de la même manière. Les droits ouverts avant le congé peuvent être mobilisés dans les conditions prévues, notamment la fenêtre de douze mois après la reprise.

Pendant un congé parental à temps partiel, le salarié continue de cotiser sur son salaire réduit. Les droits sont donc ouverts selon les conditions habituelles. Le montant des indemnités peut être calculé sur la base du salaire à temps partiel.

Le salarié qui a changé de régime ou qui a eu plusieurs employeurs doit vérifier la coordination des droits. La caisse peut demander des justificatifs. Un relevé de carrière ou un relevé de droits permet de reconstituer la situation.

Le calcul des indemnités journalières

Le montant des indemnités journalières dépend du salaire de référence, des règles de plafonnement et de la durée de l'arrêt. Il n'est pas possible de donner un montant unique, car chaque situation est différente. La caisse calcule les droits à partir des données dont elle dispose.

Le salaire de référence est généralement constitué des rémunérations perçues au cours d'une période antérieure. Les primes, les heures supplémentaires et les éléments variables peuvent être pris en compte selon les règles applicables. Le plafond de la sécurité sociale peut limiter l'assiette.

En cas de congé parental à temps plein, la référence peut être constituée par les droits ouverts avant le congé. C'est ce que prévoit la fiche officielle pour l'arrêt survenu après la reprise. Le salarié doit donc conserver ses bulletins de paie et ses justificatifs.

En cas de congé parental à temps partiel, la référence peut être le salaire à temps partiel. Le montant peut être plus faible, mais les droits sont calculés selon les conditions habituelles. Une simulation auprès de la caisse permet d'obtenir une estimation.

La protection contre le licenciement

Le salarié en congé parental bénéficie d'une protection contre le licenciement. Il ne peut pas être licencié pour un motif lié à sa situation familiale ou à son congé. Un licenciement reste possible pour une faute grave ou une impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à la grossesse, à l'arrivée de l'enfant ou au congé.

Pendant l'arrêt maladie, le salarié bénéficie également d'une protection. Un licenciement fondé sur l'état de santé est discriminatoire. L'employeur doit démontrer un motif étranger à la maladie et respecter la procédure.

La protection ne signifie pas impunité. Un salarié peut être licencié pour une faute commise pendant l'arrêt, par exemple une activité concurrente non autorisée. La procédure doit être respectée et les faits doivent être prouvés.

Le salarié qui estime avoir été victime d'un licenciement discriminatoire peut saisir le conseil de prud'hommes. Il peut demander la nullité du licenciement et des dommages et intérêts. Les délais doivent être vérifiés.

Les droits aux remboursements de frais de santé

La fiche officielle mentionne le remboursement des frais de santé en même temps que les indemnités journalières. Le salarié en arrêt maladie conserve ses droits à l'assurance maladie. Il peut bénéficier de la prise en charge des soins, des médicaments et des examens dans les conditions habituelles.

La complémentaire santé peut également intervenir. Le contrat collectif de l'employeur peut prévoir le maintien des garanties pendant la suspension du contrat. Les conditions dépendent du contrat et de la convention collective. Il faut vérifier la notice et les modalités de portabilité.

Le salarié qui change de situation, notamment à la fin du congé parental, doit vérifier que ses droits sont à jour. Une carte Vitale valide, une affiliation correcte et une complémentaire à jour facilitent les remboursements. Un défaut de mise à jour peut entraîner des refus.

Les frais engagés pendant l'arrêt doivent être déclarés selon les circuits habituels. Le salarié peut consulter son compte Ameli pour suivre ses remboursements. En cas d'anomalie, il peut contacter sa caisse.

Le rôle du médecin du travail

Le médecin du travail intervient pour évaluer l'aptitude du salarié à reprendre son poste. Il peut être consulté à la demande du salarié, de l'employeur ou de la caisse. Il peut proposer des aménagements, un temps partiel thérapeutique, une mutation ou une adaptation du poste.

La visite de reprise est obligatoire dans certaines situations, notamment après un arrêt de travail prolongé ou après un congé maternité. Elle permet de vérifier que le salarié peut reprendre sans risque pour sa santé. Elle est aussi l'occasion de discuter des aménagements nécessaires.

Le médecin du travail est soumis au secret médical. Il ne communique pas de diagnostic à l'employeur, mais des conclusions sur l'aptitude et des préconisations. L'employeur doit tenir compte de ces préconisations, sous peine de manquement à son obligation de sécurité.

Le salarié peut contester les conclusions du médecin du travail. Il peut demander un examen par un autre médecin ou saisir les instances compétentes. Les modalités et les délais doivent être vérifiés.

La reprise après un arrêt long

La reprise après un arrêt long peut être progressive. Le médecin du travail peut proposer un temps partiel thérapeutique, une adaptation des horaires ou une réduction temporaire de la charge de travail. L'employeur doit examiner ces propositions et, si possible, les mettre en œuvre.

Le salarié peut également bénéficier d'un accompagnement, notamment par un service de santé au travail, un ergonome ou un assistant social. Les aides de l'Agefiph ou du FIPHFP peuvent financer certains aménagements. La MDPH peut être sollicitée si la situation le justifie.

La reprise ne se limite pas au jour du retour. Elle peut nécessiter un suivi pendant plusieurs semaines. Un point régulier avec le manager et le médecin du travail permet d'ajuster les mesures et d'éviter une rechute.

Le salarié qui ne peut pas reprendre son poste peut être reclassé. L'employeur doit rechercher une solution adaptée. Si aucun poste n'est disponible, une procédure de licenciement pour inaptitude peut être engagée, dans le respect des règles applicables.

Les démarches à effectuer

La première démarche est de consulter un médecin et d'obtenir un arrêt de travail. L'arrêt doit préciser la durée et les éventuelles restrictions. Le salarié doit transmettre l'arrêt à sa caisse et à son employeur dans les délais prévus.

La deuxième démarche est d'informer l'employeur de la situation. Un courrier ou un courriel permet de tracer l'information. L'employeur peut demander des justificatifs, mais il ne peut pas exiger de détails médicaux.

La troisième démarche est de vérifier ses droits auprès de la caisse. Le salarié peut demander un relevé de droits, une estimation des indemnités et des explications sur le calcul. Il peut également signaler un changement de situation.

La quatrième démarche est de préparer la reprise. Si l'arrêt se prolonge, le salarié doit informer l'employeur de la date prévisible de retour. Une visite médicale peut être organisée. Le médecin du travail peut proposer des aménagements.

Cas particuliers

Le congé de maternité et le congé d'adoption ne se confondent pas avec le congé parental. Ils ont leurs propres règles de rémunération et de protection. Une salariée en congé de maternité qui tombe malade après la reprise relève des règles de l'assurance maladie, avec les spécificités applicables.

L'accident du travail et la maladie professionnelle ouvrent des droits différents. Les indemnités journalières sont calculées selon des règles propres, et la reconnaissance de l'origine professionnelle peut avoir des conséquences sur la prise en charge. Il faut déclarer l'accident ou la maladie à l'employeur et à la caisse.

Le salarié qui exerce une activité à temps partiel pendant un congé parental à temps partiel peut voir ses droits calculés sur la base de son salaire réduit. Les règles de cumul doivent être vérifiées. Une activité non déclarée peut entraîner des indus.

Le salarié qui relève du régime agricole ou d'un régime spécial peut avoir des règles différentes. La fiche officielle mentionne la MSA à côté de la CPAM. Il faut se renseigner auprès de son régime.

Erreurs fréquentes

La première erreur est de croire que le congé parental ferme définitivement les droits à l'assurance maladie. Les droits peuvent être maintenus ou rouverts selon la situation.

La deuxième est de confondre les règles du congé parental à temps plein et celles du temps partiel. La fenêtre de douze mois ne s'applique pas de la même manière.

La troisième est de ne pas conserver les justificatifs de la période antérieure au congé. Le calcul des indemnités peut en dépendre.

La quatrième est d'attendre la fin de l'arrêt pour informer l'employeur. Une information tardive peut compliquer l'organisation du service et la reprise.

La cinquième est de négliger la complémentaire santé. Le maintien des garanties n'est pas automatique dans tous les contrats.

FAQ

Le salarié en arrêt maladie à la fin du congé parental a-t-il droit aux indemnités journalières ?

Oui. La fiche officielle indique qu'il bénéficie des indemnités journalières et du remboursement des frais de santé pendant toute la durée de l'arrêt.

Les règles sont-elles les mêmes après un congé parental à temps plein et à temps partiel ?

Non. Après un congé parental à temps plein, l'arrêt maladie survenant après la reprise ouvre des droits dans les douze mois suivant la fin du congé, en tenant compte des droits ouverts avant le départ. Après un congé parental à temps partiel, les conditions habituelles s'appliquent.

Que se passe-t-il si le salarié ne peut pas reprendre le travail à cause de la maladie ?

Les indemnités journalières et le remboursement des frais de santé sont versés pendant toute la durée de l'arrêt, sans condition de délai de douze mois.

Le salarié doit-il informer son employeur ?

Oui. Il doit transmettre son arrêt et informer l'employeur de sa situation. L'employeur organise la reprise et peut solliciter le médecin du travail.

La complémentaire santé est-elle maintenue ?

Cela dépend du contrat et de la convention collective. Il faut vérifier les conditions de maintien des garanties pendant la suspension du contrat.

Le salarié peut-il être licencié pendant son arrêt ?

Le salarié est protégé pendant certaines périodes, notamment pendant le congé parental et l'arrêt maladie. Un licenciement reste possible pour un motif étranger à la maladie, mais la procédure et les garanties doivent être respectées. Il faut vérifier la situation.

Ce qu'il faut retenir

La maladie à la fin d'un congé parental n'interrompt pas les droits à l'assurance maladie. Le salarié conserve les indemnités journalières et le remboursement des frais de santé pendant son arrêt. La règle des douze mois s'applique à l'arrêt survenu après la reprise d'un congé parental à temps plein, mais pas à l'arrêt survenu avant la reprise ni à l'impossibilité de reprendre le travail. Le congé parental à temps partiel relève des conditions habituelles.

La situation est donc plus favorable qu'elle ne le paraît, à condition de respecter les démarches et de conserver les justificatifs. Un accompagnement par la caisse, l'employeur et le médecin du travail permet de sécuriser la reprise. Il est conseillé de préparer les justificatifs et de vérifier les droits avant la fin du congé parental.

Sources

Information à vérifier auprès de l'organisme compétent. Les règles et modalités peuvent évoluer.

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