Vue d'ensemble
Ce qu'il faut savoir
- Le congé de maladie (anciennement appelé congé de maladie ordinaire — CMO) est placé par l'administration employeur sur présentation d'un avis d'arrêt de travail.
- Il concerne le fonctionnaire en activité ou en détachement, malade ou victime d'un accident survenu hors temps de travail qui le met dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions.
- La durée maximale est de 1 an pendant une période de 12 mois consécutifs.
- La rémunération est de 90 % du traitement indiciaire pendant 3 mois, puis de 50 % pendant 9 mois, avec 1 jour de carence non rémunéré par arrêt.
- L'avis d'arrêt de travail doit être transmis à l'administration dans les 48 heures suivant son établissement par un médecin, chirurgien-dentiste ou sage-femme.
- Le congé de maladie est sans effet sur l'avancement (échelon et grade) et est pris en compte pour la retraite, dans la limite de 4 trimestres pour la retraite anticipée pour carrière longue.
Conditions essentielles
- Être fonctionnaire en activité ou en détachement.
- Être malade ou victime d'un accident non professionnel qui rend l'exercice des fonctions impossible.
- Présenter un avis d'arrêt de travail établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme.
Les étapes
- Obtenir un avis d'arrêt de travail auprès d'un médecin, chirurgien-dentiste ou sage-femme.
- Transmettre cet avis à l'administration employeur dans les 48 heures suivant son établissement.
- Conserver le volet n°1 de l'avis (à présenter au médecin agréé en cas de contre-visite) ; transmettre les volets n°2 et 3 à l'administration.
- Respecter l'obligation de cesser toute activité rémunérée pendant le congé.
- Se soumettre aux visites de contrôle organisées par l'administration (médecin agréé, contrôle administratif).
- Reprendre ses fonctions à l'issue du congé, ou saisir le conseil médical en cas d'inaptitude.
Trois fonctions publiques, un même cadre : FPE, FPT et FPH suivent les mêmes principes. Les particularités de primes et indemnités sont détaillées dans la section rémunération.
Cette synthèse ne remplace pas la fiche
Cette synthèse ne détaille pas les particularités de primes et indemnités selon la fonction publique (FPE, FPT, FPH), ni le régime du congé de longue maladie (CLM), ni les voies de recours en cas d'inaptitude. Ces points sont traités dans les sections correspondantes.
Conditions d'ouverture du congé
Le congé de maladie est ouvert à tout fonctionnaire en activité ou en détachement qui se trouve dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions en raison d'une maladie ou d'un accident non professionnel.
Le fonctionnaire doit adresser à son administration employeur un avis d'arrêt de travail établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme. Cet avis précise les éléments d'ordre médical, les motifs justifiant l'arrêt et sa durée.
- Le fonctionnaire est en activité ou en détachement au moment de l'arrêt.
- La maladie ou l'accident est survenu hors temps de travail.
- L'arrêt est établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme habilité à prescrire un arrêt de travail.
La 1ʳᵉ prescription d'arrêt de travail ne peut pas dépasser 31 jours, sauf si le médecin justifie d'une durée plus longue au vu de la situation et des recommandations éventuelles de la Haute Autorité de santé. Le renouvellement peut aller jusqu'à 62 jours.
Délai de transmission de l'arrêt de travail
L'avis d'arrêt de travail doit être transmis à l'administration employeur dans un délai strict. Le non-respect de ce délai expose le fonctionnaire à une réduction de sa rémunération.
L'avis d'arrêt de travail doit être transmis à l'administration employeur dans les 48 heures suivant son établissement par le médecin, le chirurgien-dentiste ou la sage-femme.
Exceptions au délai de 48 heures
- Le délai peut être dépassé en cas d'hospitalisation.
- Hors hospitalisation, si le fonctionnaire est dans l'impossibilité de respecter ce délai, il dispose de 8 jours suivant l'établissement de l'arrêt pour justifier de cette impossibilité.
À savoir
- L'avis d'arrêt de travail peut être dématérialisé.
- Si l'avis n'est pas dématérialisé, le fonctionnaire transmet les volets n°2 et 3 à l'administration et conserve le volet n°1 (à présenter au médecin agréé en cas de contre-visite ou d'examen médical).
- Le renouvellement d'un arrêt de travail suit le même délai de 48 heures après son établissement.
- En cas de prolongation, la rémunération n'est maintenue que si la prolongation est prescrite par le médecin prescripteur de l'arrêt initial, par le médecin traitant, par la sage-femme ou par le chirurgien-dentiste, sauf impossibilité justifiée.
- La prolongation par télémédecine est limitée au 1ᵉʳ renouvellement et à 3 jours maximum, sans porter la durée totale de l'arrêt à plus de 3 jours.
Règle
En cas de non-respect du délai de 48 heures, l'administration informe par courrier le fonctionnaire du retard constaté et lui indique qu'il s'expose à une réduction de sa rémunération en cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois suivant ce premier envoi tardif.
- Réduction de moitié
- En cas de nouvel envoi tardif d'un arrêt de travail dans les 24 mois suivant un premier envoi tardif, la rémunération due entre la date d'établissement du nouvel arrêt et la date de sa transmission est réduite de moitié.
- Éléments concernés
- La réduction porte sur le traitement indiciaire brut et sur les primes et indemnités.
- Éléments maintenus intégralement
- Sont versés en totalité malgré la réduction : indemnité de résidence, supplément familial de traitement (SFT), prise en charge partielle du prix du titre de transport, avantages en nature, remboursement de frais, primes liées au changement de résidence ou à la mobilité, primes liées à l'organisation du travail, indemnités d'enseignement ou de jury, et versements exceptionnels correspondant à un fait générateur unique.
Durée du congé de maladie
Le congé de maladie est limité dans sa durée : il peut s'étendre jusqu'à un an sur une période de douze mois consécutifs. Au-delà, le fonctionnaire peut être orienté vers un congé de longue maladie (CLM), une disponibilité ou une retraite pour invalidité.
La durée du congé de maladie peut être de 1 an maximum pendant une période de 12 mois consécutifs.
À savoir
- La durée de chaque arrêt est appréciée sur une période de référence de 365 jours glissants.
- Les droits à 90 % ou à 50 % du traitement indiciaire sont décomptés pour chaque jour d'arrêt en fonction des jours d'arrêt à 90 % ou à 50 % déjà accordés au cours des 365 jours précédents.
- Si le fonctionnaire a été en arrêt pendant 12 mois consécutifs, il ne peut reprendre son travail qu'après avis favorable du conseil médical.
Le congé de longue maladie (CLM) et le congé de longue durée (CLD) obéissent à des règles distinctes : voir la section « Mise en congé de longue maladie (CLM) ».
Rémunération pendant le congé
Le fonctionnaire en congé de maladie perçoit une partie de son traitement indiciaire, dans la limite des droits ouverts sur la période de référence.
La rémunération se calcule sur la base de 360 trentièmes (30 trentièmes par mois, quel que soit le nombre réel de jours dans le mois). Sur une période de référence de 365 (ou 366) jours, le fonctionnaire peut bénéficier de 90 trentièmes à 90 % et de 270 trentièmes à 50 %.
| Période | Fraction du traitement indiciaire | Durée maximale |
|---|---|---|
| Pendant les 3 premiers mois | 90 % | 90 trentièmes |
| Pendant les 9 mois suivants | 50 % | 270 trentièmes |
| Au-delà | Plus de droits ouverts | Sortie du régime CMO (CLM, disponibilité, retraite pour invalidité selon le cas) |
Pendant les 3 premiers mois
- Fraction du traitement indiciaire
- 90 %
- Durée maximale
- 90 trentièmes
Pendant les 9 mois suivants
- Fraction du traitement indiciaire
- 50 %
- Durée maximale
- 270 trentièmes
Au-delà
- Fraction du traitement indiciaire
- Plus de droits ouverts
- Durée maximale
- Sortie du régime CMO (CLM, disponibilité, retraite pour invalidité selon le cas)
Les droits à 90 % ou 50 % sont décomptés en trentièmes ; le passage à 50 % intervient dès que les 90 trentièmes à 90 % sont consommés, dans la limite des 270 trentièmes à 50 %.
Versement des autres éléments de rémunération (FPE)
Introduction
Le tableau ci-dessous précise les conditions de versement des éléments de rémunération autres que le traitement indiciaire pour un fonctionnaire d'État. Les fonctionnaires territoriaux et hospitaliers relèvent de tableaux équivalents adaptés à leur statut.
colonnes
- Élément de rémunération
- Pendant les 3 mois (90 %)
- Pendant les 9 mois (50 %)
lignes
Jour de carence
Chaque arrêt de travail donne lieu à un jour de carence non rémunéré. Ce jour est décompté comme un jour de congé de maladie rémunéré à 90 %.
Chaque arrêt de travail fait l'objet d'un jour de carence non rémunéré. Ce jour est décompté comme s'il s'agissait d'un jour de congé de maladie rémunéré à 90 %.
À savoir
- Le jour de carence n'est pas appliqué lors du 2ᵉ arrêt si le fonctionnaire n'a pas repris le travail plus de 48 heures entre deux congés de maladie accordés pour la même affection.
- Cette exception s'applique lorsque le nouvel arrêt prolonge l'arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case « prolongation ».
- Elle s'applique aussi si le fonctionnaire tente de reprendre ses fonctions et se trouve dans l'obligation de s'arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard.
- Elle s'applique enfin si le fonctionnaire n'a pas pu consulter son médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de sa volonté.
- Dans ces situations, le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation, puisqu'il n'y a pas eu disparition de la cause de l'arrêt initial.
Le délai de 48 heures est décompté en jours calendaires et court à partir du 1ᵉʳ jour qui suit le dernier jour de l'arrêt de travail initial.
Effets du congé sur la carrière
Le temps passé en congé de maladie n'a pas d'incidence négative sur la carrière du fonctionnaire. Il préserve ses droits à l'avancement et est pris en compte pour la retraite.
Le temps passé en congé de maladie est sans effet sur les droits à avancement (d'échelon et de grade).
À savoir
- Le congé de maladie ne réduit pas les droits aux autres congés : congés annuels, congé de maternité ou d'adoption, congé de naissance ou d'adoption de 3 jours, congé de paternité et d'accueil de l'enfant, congé supplémentaire de naissance, congé de formation professionnelle, congé de solidarité familiale, congé de proche aidant, congé pour validation des acquis de l'expérience, congé pour bilan de compétences, congé pour formation syndicale (FPH), congé de représentation d'une association (FPH), congé de citoyenneté (FPH).
- Le fonctionnaire ne perçoit pas de RTT pendant les périodes de congé de maladie.
- Le fonctionnaire stagiaire : les congés de maladie au-delà d'une certaine durée prolongent la durée du stage.
- Le fonctionnaire peut demander à réaliser ou poursuivre une formation ou un bilan de compétences en vue de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. Sa demande est soumise à l'avis favorable du conseil médical. L'administration employeur se prononce dans un délai de 30 jours.
- Pour le départ en retraite anticipée pour carrière longue, les congés de maladie (maladie ordinaire, CLM, CLD, CITIS) sont pris en compte dans la limite de 4 trimestres.
Si le fonctionnaire ne peut pas bénéficier de ses congés annuels en raison de congés de maladie, une partie des congés annuels peut être reportée sous certaines conditions.
Obligations et contrôles pendant le congé
Le fonctionnaire en congé de maladie est soumis à des obligations strictes : cessation de toute activité rémunérée, soumission aux visites de contrôle médicales et administratives.
Pendant le congé de maladie, le fonctionnaire doit cesser tout travail rémunéré, sauf les activités ordonnées et contrôlées médicalement en vue de sa réadaptation à l'emploi.
- Cessation d'activité
- En cas de non-respect de l'obligation de cesser toute activité rémunérée, la rémunération n'est plus versée jusqu'à ce que le fonctionnaire respecte l'obligation concernée.
- Visite de contrôle médical
- L'administration employeur peut soumettre le fonctionnaire à tout moment à une visite de contrôle par un médecin agréé. Un médecin agréé est un médecin généraliste ou spécialiste figurant sur une liste établie dans chaque département par le préfet, sur proposition de l'Agence régionale de santé, après avis du Conseil départemental de l'ordre des médecins. Son rôle est d'effectuer les contre-visites et les expertises.
- Examen obligatoire
- Le fonctionnaire est obligatoirement soumis à un examen de contrôle par un médecin agréé au moins 1 fois après 6 mois consécutifs de congé de maladie.
- Refus d'examen
- En cas de refus du fonctionnaire de se soumettre à ces examens, la rémunération n'est plus versée.
- Contestation de l'avis
- Si le fonctionnaire ou l'administration conteste l'avis du médecin agréé, le conseil médical peut être saisi.
- Contrôle administratif
- L'administration peut faire procéder au contrôle administratif de l'arrêt par toute personne habilitée. Ce contrôle porte sur la présence au domicile ou au lieu de repos aux heures de présence obligatoire indiquées sur l'arrêt.
- Absence lors du contrôle administratif
- En cas d'absence injustifiée ou de refus de se soumettre au contrôle administratif, le versement de la rémunération est interrompu jusqu'à la date de fin de l'arrêt. La période compte dans la période de congé en cours.
Situation en fin de congé
À l'issue du congé de maladie, le fonctionnaire reprend ses fonctions. Si son état de santé ne le permet pas, sa situation est soumise au conseil médical et varie selon qu'il est fonctionnaire titulaire ou stagiaire.
Le fonctionnaire reprend ses fonctions. Son poste de travail peut éventuellement être adapté à son état de santé si nécessaire.
À savoir
- Si le fonctionnaire a été placé en congé de maladie pendant 12 mois consécutifs, il ne peut reprendre son travail qu'après avis favorable du conseil médical.
- Pendant toute la durée de la procédure devant le conseil médical, le fonctionnaire est provisoirement placé en disponibilité d'office pour raison de santé.
- Pendant cette période de disponibilité d'office (FPE/FPT), il perçoit une indemnité égale au montant du traitement indiciaire et, éventuellement, des primes et indemnités perçues à la fin du congé de maladie. Pour la FPH, le paiement du demi-traitement est maintenu jusqu'à la décision de reprise de service.
- Cette indemnité est versée jusqu'à la date de la décision de reprise de service.
- Si l'instruction du dossier nécessite l'expertise d'un médecin agréé, le fonctionnaire doit s'y soumettre. En cas de refus, l'indemnité cesse d'être versée.
- En cas de refus de rejoindre le ou les postes proposés sans motif valable lié à l'état de santé, le fonctionnaire peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire.
- Si le fonctionnaire est atteint d'une pathologie pouvant donner lieu à un congé de longue maladie (CLM), il peut demander à être placé en CLM en cours ou à la fin de ses droits à congé de maladie.
Si le fonctionnaire ne peut pas reprendre ses fonctions antérieures à la fin de son congé, sa situation varie selon qu'il est fonctionnaire titulaire ou stagiaire : voir les sections « Inaptitude à la reprise — fonctionnaire titulaire » et « Inaptitude à la reprise — fonctionnaire stagiaire ».
Mise en congé de longue maladie (CLM)
Le congé de longue maladie (CLM) est ouvert aux fonctionnaires atteints d'une affection figurant sur une liste fixée par arrêté, ou d'une autre maladie après avis du conseil médical.
Le fonctionnaire peut être placé en CLM s'il est atteint d'une maladie figurant sur une liste fixée par arrêté. Cette liste n'est pas limitative : un CLM peut être accordé pour d'autres maladies après avis du conseil médical.
À savoir
- Le fonctionnaire peut demander à être placé en CLM en cours ou à la fin de ses droits à congé de maladie.
- Le passage en CLM suspend les droits au congé de maladie ordinaire et ouvre un nouveau cadre de droits à rémunération et de durée.
- La liste des maladies ouvrant droit à un CLM est fixée par arrêté ministériel et révisée périodiquement.
Les durées, la rémunération et le régime du CLM ne sont pas détaillés dans cette fiche : ils relèvent de textes spécifiques. Le congé de longue durée (CLD) obéit à des règles proches, mais distinctes.
Inaptitude à la reprise — fonctionnaire titulaire
Si le fonctionnaire titulaire ne peut pas reprendre son service à la fin de son congé de maladie, sa situation est examinée par le conseil médical et plusieurs issues sont possibles.
Le fonctionnaire titulaire qui ne peut pas reprendre son service à la fin de son congé de maladie peut être, selon son état de santé :
- Reclassement
- Le fonctionnaire peut être reclassé sur un emploi compatible avec son état de santé.
- Période de préparation au reclassement
- Le fonctionnaire peut être admis à bénéficier d'une période de préparation au reclassement : cette période a pour objet de préparer et, si nécessaire, de qualifier le fonctionnaire pour l'exercice de nouvelles fonctions compatibles avec son état de santé.
- Disponibilité d'office
- Le fonctionnaire peut être placé en disponibilité d'office si le conseil médical juge que son état de santé peut évoluer favorablement.
- Retraite pour invalidité
- Le fonctionnaire peut être admis à la retraite pour invalidité, quels que soient son âge et son nombre de trimestres d'assurance retraite, s'il est reconnu définitivement inapte à l'exercice de tout emploi.
À savoir
- Pendant toute la durée de la procédure devant le conseil médical, le fonctionnaire est provisoirement placé en disponibilité d'office pour raison de santé.
- Pendant cette période, il perçoit une indemnité égale au montant du traitement indiciaire et, éventuellement, des primes et indemnités perçues à la fin de la dernière période de congé de longue maladie.
- L'indemnité est versée jusqu'à la date de la décision de reclassement, de mise en disponibilité ou d'admission à la retraite.
- Si le conseil médical propose un placement en disponibilité pour raison de santé, l'indemnité versée pendant la période d'instruction reste acquise au fonctionnaire.
- En cas de reclassement sur un emploi compatible avec l'état de santé, si le fonctionnaire refuse le ou les postes proposés sans motif valable lié à son état de santé, il peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire.
Inaptitude à la reprise — fonctionnaire stagiaire
Si le fonctionnaire stagiaire ne peut pas reprendre son service à la fin de son congé de maladie (ou de son CLM), sa situation est examinée selon des règles spécifiques au stage.
Le fonctionnaire stagiaire qui ne peut pas reprendre son service à la fin de son congé de maladie (ou de son CLM) peut être placé en congé non rémunéré ou licencié, selon son état de santé.
- Congé non rémunéré
- Le fonctionnaire peut être placé en congé non rémunéré pendant une période maximale d'un an renouvelable 2 fois si le conseil médical juge que son état de santé peut évoluer favorablement. Le renouvellement est prononcé sur avis du conseil médical. Si le conseil médical estime que le fonctionnaire sera apte à reprendre ses fonctions au cours de la 4ᵉ année, le congé non rémunéré peut être renouvelé une 3ᵉ fois.
- Licenciement
- Le fonctionnaire peut être licencié s'il est reconnu dans l'impossibilité définitive et absolue de reprendre ses fonctions.
À savoir
- Si le fonctionnaire était détaché pour stage et est titulaire dans un autre corps ou cadre d'emplois, il est mis fin à son détachement pour stage et il est remis à disposition de son administration d'origine.
- Dans son administration d'origine, sa situation est examinée selon les règles applicables au fonctionnaire titulaire.
Questions fréquentes
Cette section reprend les questions les plus fréquentes sur le congé de maladie du fonctionnaire, telles que publiées par la source officielle.
Le jour de carence pour maladie existe-t-il encore ?
Oui. Chaque arrêt de travail fait l'objet d'un jour de carence non rémunéré. Le jour de carence n'est pas appliqué lors du 2ᵉ arrêt si le fonctionnaire n'a pas repris le travail plus de 48 heures entre deux congés de maladie accordés pour la même affection (rechute ou prolongation).
Un fonctionnaire peut-il travailler à temps partiel pour raison thérapeutique ?
Le fonctionnaire en congé de maladie peut demander à reprendre ses fonctions à temps partiel pour raison thérapeutique, après avis favorable du conseil médical. Cette modalité est traitée en dehors du cadre du congé de maladie ordinaire.
Inaptitude physique du fonctionnaire stagiaire : quelles conséquences ?
Le fonctionnaire stagiaire qui ne peut pas reprendre ses fonctions à la fin de son congé de maladie (ou de son CLM) peut être placé en congé non rémunéré pendant une période maximale d'un an, renouvelable deux fois (voire une troisième fois selon l'avis du conseil médical), ou être licencié s'il est reconnu dans l'impossibilité définitive et absolue de reprendre ses fonctions.
Ces questions sont reproduites telles quelles de la source officielle. Toute évolution de la réglementation (réforme de la fonction publique, modification du jour de carence, etc.) peut modifier les réponses : il convient de vérifier auprès de l'administration employeur.
Textes applicables
- Code général de la fonction publique : articles L115-2 et L115-3
- Code général de la fonction publique : articles L115-1 à L115-6Légifrance
- Code général de la fonction publique : articles L822-1 à L822-5Légifrance
- Code général de la fonction publique : articles L822-27 à L822-30Légifrance
- Code général de la fonction publique : articles R327-36 à R327-41Légifrance
- Décret n°86-442 du 14 mars 1986 relatif aux médecins agréés, aux comités médicaux et commissions de réforme, aux conditions d'aptitude physique et aux congés de maladie des fonctionnairesLégifrance
- Décret n°87-602 du 30 juillet 1987 relatif à l'organisation des comités médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriauxLégifrance
- Décret n°88-386 du 19 avril 1988 relatif aux conditions d'aptitude physique et aux congés de maladie des agents de la fonction publique hospitalièreLégifrance
- Décret n°93-522 du 26 mars 1993 relatif aux conditions de mise en œuvre de la NBI dans la FPELégifrance
- Décret n°93-863 du 18 juin 1993 relatif aux conditions de mise en œuvre de la NBI dans la FPTLégifrance
- Décret n°94-139 du 14 février 1994 relatif aux conditions de mise en œuvre de la NBI dans la FPHLégifrance
- Décret n°2010-997 du 26 août 2010 relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'État dans certaines situations de congésLégifrance
- Circulaire du 30 janvier 1989 relative à la protection sociale des fonctionnaires et stagiaires de l'État contre les risques de maladie et d'accidents de serviceLégifrance
- Circulaire du 24 juillet 2003 concernant le traitement des certificats médicaux d'arrêt de travail pour maladie des fonctionnairescirculaires.gouv.fr
- Circulaire du 22 mars 2011 relative au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'État dans certaines situations de congésLégifrance
- Circulaire du 20 avril 2015 relative au délai de transmission des arrêts de maladiefonction-publique.gouv.fr
Sources officielles
- OuvrirService-Public.fr
Congé de maladie du fonctionnaire
Vérifiée le 2026-10-04
Voir aussi
- Congé de longue maladie (CLM) du fonctionnaire
- Congé de longue durée (CLD) du fonctionnaire
- Congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS)
- Disponibilité d'office pour raison de santé
- Reclassement du fonctionnaire inapte
Information à vérifier auprès de l'organisme compétent.
