Vue d'ensemble
Ce qu'il faut savoir
- Le contractuel peut être placé en congé de maladie sur présentation d'un avis d'arrêt de travail, en cas de maladie ou d'accident survenu hors temps de travail qui le met dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions.
- Le congé est ouvert que le contractuel soit en CDD ou en CDI ; il concerne uniquement le contractuel en activité.
- Le congé de maladie peut durer 12 mois consécutifs en cas d'arrêts continus, ou être étalé sur une période de 300 jours de services effectifs en cas d'arrêts discontinus.
- La rémunération est subordonnée à une ancienneté d'au moins 4 mois ; chaque arrêt de travail fait l'objet d'un jour de carence non rémunéré.
- L'avis d'arrêt de travail doit être transmis à l'administration employeur dans les 48 heures suivant son établissement par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme.
- En cas d'inaptitude à la reprise, le contractuel peut être placé en congé non rémunéré d'un an prolongeable de 6 mois, puis, en cas d'inaptitude définitive, bénéficier d'une procédure de reclassement ou d'un licenciement pour inaptitude physique.
Conditions essentielles
- Le contractuel doit être en activité au moment de la maladie ou de l'accident.
- La maladie ou l'accident doit être survenu hors temps de travail.
- Le contractuel doit justifier d'une ancienneté d'au moins 4 mois pour bénéficier de la rémunération à 90 % puis à 50 %.
- L'arrêt de travail doit être établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme habilité à prescrire un arrêt.
Les étapes
- Obtenir un avis d'arrêt de travail auprès d'un médecin, d'un chirurgien-dentiste ou d'une sage-femme.
- Transmettre cet avis à l'administration employeur dans les 48 heures suivant son établissement.
- Si l'avis n'est pas dématérialisé, transmettre les volets n°1 et n°2 à la CPAM dans le même délai de 48 heures.
- En cas de renouvellement, transmettre la prolongation à l'administration employeur (et éventuellement à la CPAM) dans le même délai de 48 heures.
- Respecter les obligations du congé : suivre les prescriptions, se soumettre aux visites de contrôle, informer l'administration et la CPAM de tout changement.
- Reprendre ses fonctions à l'issue du congé, ou, en cas d'inaptitude, bénéficier du congé non rémunéré d'un an prolongeable de 6 mois, puis, le cas échéant, d'une procédure de reclassement ou d'un licenciement pour inaptitude physique.
Trois fonctions publiques, un même cadre : FPE, FPT et FPH suivent les mêmes conditions d'ouverture, la même durée et les mêmes obligations. Le barème de rémunération à 90 % et à 50 % diffère selon la fonction publique d'appartenance : voir la section dédiée.
Cette synthèse ne remplace pas la fiche
Cette synthèse ne détaille pas les particularités de calcul de l'ancienneté selon la fonction publique, ni les voies de recours en cas d'inaptitude (reclassement, licenciement). Ces points sont traités dans les sections correspondantes.
Conditions d'ouverture du congé
Le congé de maladie est ouvert à tout contractuel de la fonction publique en activité qui se trouve dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions en raison d'une maladie ou d'un accident non professionnel.
Le contractuel doit adresser à son administration employeur un avis d'arrêt de travail établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme. Cet avis précise les éléments d'ordre médical, les motifs justifiant l'arrêt et sa durée.
- Le contractuel est en activité au moment de la maladie ou de l'accident.
- La maladie ou l'accident est survenu hors temps de travail.
- L'arrêt est établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme habilité à prescrire un arrêt de travail.
La 1ʳᵉ prescription d'arrêt de travail ne peut pas dépasser 31 jours, sauf si le médecin justifie d'une durée plus longue au vu de la situation et des recommandations éventuelles de la Haute Autorité de santé. Le renouvellement peut aller jusqu'à 62 jours.
Délai de transmission de l'arrêt de travail
L'avis d'arrêt de travail doit être transmis à l'administration employeur dans un délai strict. Le non-respect de ce délai expose le contractuel à une réduction des indemnités journalières de la Sécurité sociale en cas de nouvel envoi tardif.
L'avis d'arrêt de travail doit être transmis à l'administration employeur dans les 48 heures suivant son établissement par le médecin, le chirurgien-dentiste ou la sage-femme.
Exceptions au délai de 48 heures
- Le délai peut être dépassé en cas d'hospitalisation.
- Hors hospitalisation, si le contractuel est dans l'impossibilité de respecter ce délai, il dispose de 8 jours suivant l'établissement de l'arrêt pour justifier de cette impossibilité.
À savoir
- L'avis d'arrêt de travail peut être dématérialisé.
- Si l'avis n'est pas dématérialisé, le contractuel transmet les volets n°1 et 2 à sa CPAM dans le même délai de 48 heures.
- Le renouvellement d'un arrêt de travail suit le même délai de 48 heures après son établissement. Comme l'arrêt initial, l'avis de prolongation ne peut pas dépasser 62 jours.
Règle
En cas de non-respect du délai de 48 heures, la CPAM adresse un courrier au contractuel pour le rappeler à ce délai. Elle l'informe également qu'il s'expose à une réduction de 50 % du montant de ses indemnités journalières en cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois suivant ce premier envoi tardif. Les indemnités journalières dues entre la date d'établissement du nouvel arrêt et la date de sa transmission sont alors réduites de moitié.
Durée du congé de maladie
Le congé de maladie est limité dans sa durée : il peut s'étendre jusqu'à un an sur une période de douze mois consécutifs en cas d'arrêts continus, ou être réparti sur une période de 300 jours de services effectifs en cas d'arrêts discontinus.
La durée maximale du congé de maladie est de 12 mois consécutifs en cas d'arrêts de travail en continu, ou, au cours d'une période de 300 jours de services effectifs, en cas d'arrêts de travail discontinus.
À savoir
- La période de 300 jours de services est mobile et se calcule de date à date.
- Tous les jours calendaires sont pris en compte dans le décompte.
- La durée des arrêts discontinus est appréciée sur une période glissante : à chaque nouvel arrêt, on regarde les 300 jours précédents.
Rémunération pendant le congé
Le contractuel en congé de maladie perçoit une partie de son traitement indiciaire, dans la limite des droits ouverts sur la période de référence. Le barème applicable dépend de la fonction publique d'appartenance.
Le congé de maladie est rémunéré par l'administration employeur si le contractuel a au moins 4 mois d'ancienneté. Le contractuel perçoit 90 % puis la moitié (50 %) de son traitement indiciaire, pendant des périodes variables selon sa fonction publique et son ancienneté.
Barème applicable en FPE
Introduction
Pour les contractuels de la fonction publique d'État, le barème est forfaitaire : 90 % du traitement indiciaire pendant les 3 premiers mois, puis 50 % pendant les 9 mois suivants.
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- Période
- Fraction du traitement indiciaire
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Barème applicable en FPT et FPH
Introduction
Pour les contractuels des fonctions publiques territoriale (FPT) et hospitalière (FPH), le barème est fonction de l'ancienneté acquise.
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- Ancienneté
- Durée de rémunération à 90 % ou à 50 %
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Versement des autres éléments de rémunération
Introduction
Indemnité de résidence, supplément familial de traitement (SFT) et primes ou indemnités suivent des règles distinctes du traitement indiciaire.
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- Élément de rémunération
- Pendant la période à 90 %
- Pendant la période à 50 %
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En FPH, toute journée ayant donné lieu à rémunération est comptée pour une journée, quelle que soit la durée de travail au cours de cette journée. La durée de service exigée pour la rémunération est calculée à partir de la date du 1ᵉʳ recrutement dans l'établissement employeur ; en cas d'interruption de fonctions, les services sont pris en compte si l'interruption n'a pas dépassé 4 mois (interruption volontaire) ou 1 an (interruption involontaire). En FPE, l'ancienneté est calculée en tenant compte de l'ensemble des services accomplis dans la fonction publique (État, territoriale ou hospitalière) ; en cas d'interruption, les services sont pris en compte si l'interruption n'a pas dépassé 4 mois.
Cas particulier : moins de 4 mois d'ancienneté
Le contractuel qui doit cesser ses fonctions pour raison de santé sans justifier de l'ancienneté requise est placé dans un régime distinct : congé non rémunéré et indemnités journalières de la Sécurité sociale seules.
Si le contractuel doit cesser ses fonctions pour raison de santé sans avoir au moins 4 mois d'ancienneté, il est placé en congé de maladie non rémunéré pour une durée maximale d'un an.
À savoir
- Le contractuel ne perçoit alors que les indemnités journalières pour maladie de la Sécurité sociale, s'il remplit les conditions pour en bénéficier.
- Ces indemnités journalières sont versées après un délai de carence de 3 jours lors de chaque arrêt de travail.
- Cette période de congé de maladie n'est pas prise en compte pour le calcul des services ouvrant droit à un futur congé de maladie rémunéré.
Obligations et contrôles pendant le congé
Le contractuel en congé de maladie est soumis à des obligations strictes : cessation de toute activité non autorisée, soumission aux visites de contrôle médicales et administratives.
Pendant le congé de maladie, le contractuel doit cesser toute activité non autorisée et se soumettre aux visites de contrôle organisées par l'administration et la Sécurité sociale.
- Prescriptions médicales
- Suivre les prescriptions du médecin.
- Visites de contrôle de la Sécurité sociale
- Se soumettre aux visites médicales de contrôle demandées par la Sécurité sociale.
- Reprise d'activité
- Informer sans délai la CPAM de toute reprise d'activité avant la fin de l'arrêt de travail.
- Changement de domicile
- Informer sans délai l'administration employeur et la CPAM de tout changement de domicile.
- Visite de contrôle par médecin agréé
- L'administration employeur peut soumettre le contractuel à tout moment à une visite de contrôle par un médecin agréé. En cas de refus, la rémunération n'est plus versée.
- Contestation de l'avis du médecin agréé
- Si le contractuel ou l'administration conteste l'avis du médecin agréé, le conseil médical peut être saisi.
- Contrôle administratif
- L'administration peut faire procéder au contrôle administratif de l'arrêt par toute personne habilitée. Le contrôle porte sur la présence au domicile ou au lieu de repos aux heures de présence obligatoire indiquées sur l'arrêt.
- Absence lors du contrôle administratif
- En cas d'absence injustifiée ou de refus de se soumettre au contrôle administratif, le versement de la rémunération est interrompu jusqu'à la date de fin de l'arrêt. La période compte dans la période de congé en cours.
Effets du congé sur la situation administrative
Le congé de maladie n'a pas d'incidence négative sur la carrière du contractuel : il préserve ses droits à l'avancement et entre dans le calcul des services ouvrant droit à d'autres congés et dispositifs.
Le congé de maladie est pris en compte dans le calcul de la durée de services exigée pour demander un temps partiel et pour bénéficier de nombreux autres congés, ainsi que pour la formation, la reconversion et les concours internes.
À savoir
- Le congé de maladie ne réduit pas les droits aux autres congés : congés annuels, congé de maternité ou d'adoption, congé de naissance de 3 jours, congé de paternité et d'accueil de l'enfant, congé supplémentaire de naissance, congé pour accident du travail ou maladie professionnelle, congé parental, congé de solidarité familiale, congé pour élever un enfant de moins de 12 ans, congé de présence parentale, congé de proche aidant, congé pour convenances personnelles, congé pour créer ou reprendre une entreprise, congé pour formation professionnelle, congé pour validation des acquis de l'expérience, congé pour bilan de compétences.
- Le contractuel ne perçoit pas de RTT pendant les périodes de congé de maladie.
- Si le contractuel ne peut pas bénéficier de ses congés annuels en raison de congés de maladie, une partie des congés annuels peut être reportée, sous certaines conditions.
- Le congé de maladie est pris en compte pour calculer l'ancienneté exigée pour le réexamen de la rémunération et pour déterminer les droits à formation.
- Il est aussi pris en compte pour calculer l'ancienneté exigée pour se présenter aux concours internes et lors du classement en cas de réussite à un concours d'accès à un corps ou un cadre d'emplois de la fonction publique.
- Le contractuel peut demander à réaliser ou poursuivre une formation ou un bilan de compétences en vue de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. Sa demande est soumise à l'avis favorable du conseil médical. L'administration employeur se prononce dans un délai de 30 jours.
Fin du congé : apte à la reprise
À l'issue du congé de maladie, le contractuel apte à reprendre ses fonctions est réemployé sur son emploi précédent ou, à défaut, sur un emploi équivalent.
Si le contractuel est apte à reprendre ses fonctions à la fin de son congé de maladie, il est réemployé sur son emploi précédent dans la mesure permise par le service.
À savoir
- Si le contractuel ne peut pas être réaffecté dans son précédent emploi, il est prioritaire pour être réemployé sur un emploi similaire assorti d'une rémunération équivalente.
- Le réemploi sur l'emploi précédent est subordonné aux nécessités de service : l'administration apprécie si le poste peut être effectivement proposé.
Fin du congé : inaptitude temporaire
Si le contractuel demeure temporairement inapte à reprendre ses fonctions à la fin de son congé de maladie, il est placé en congé non rémunéré d'un an prolongeable de 6 mois, avec droit aux allocations chômage.
Si le contractuel demeure temporairement inapte à reprendre ses fonctions à la fin de son congé de maladie, il est placé en congé de maladie non rémunéré pour une durée maximale d'un an.
À savoir
- Ce congé non rémunéré d'un an peut être prolongé de 6 mois s'il résulte d'un avis médical que le contractuel sera susceptible de reprendre ses fonctions à la fin de cette période complémentaire.
- Pendant ce congé non rémunéré, le contractuel a droit aux allocations chômage.
- À la fin de ce congé non rémunéré, si le contractuel est apte à reprendre ses fonctions, il est réemployé sur son emploi précédent dans la mesure permise par le service, ou, à défaut, prioritaire sur un emploi similaire assorti d'une rémunération équivalente.
- Si la durée du congé non rémunéré est égale ou supérieure à 1 an, le contractuel ne peut être réemployé que s'il en fait la demande par lettre recommandée avec accusé de réception au moins 1 mois avant la fin de son congé. En l'absence d'une telle demande dans le délai, il est considéré comme démissionnaire.
Fin du congé : inaptitude définitive
À la fin du congé de maladie, si le contractuel est reconnu définitivement inapte à occuper son emploi par un médecin agréé, il peut demander à être reclassé. À défaut de reclassement possible, il est licencié pour inaptitude physique.
À la fin du congé de maladie, s'il est médicalement constaté par un médecin agréé que le contractuel est définitivement inapte à occuper son emploi, le contractuel peut demander à être reclassé.
À savoir
- La demande de reclassement est examinée si le contractuel a été recruté sur un emploi permanent en CDI ou, en CDD, si la fin de son CDD est postérieure à la date de sa demande de reclassement. L'emploi de reclassement est alors proposé pour la période restant à courir avant la fin du CDD.
- Si le reclassement n'est pas possible, le contractuel est licencié pour inaptitude physique.
Textes applicables
- Code de la sécurité sociale : article L321-2Légifrance
- Code de la sécurité sociale : article R321-2Légifrance
- Décret n°85-1148 du 24 octobre 1985 relatif à la rémunération des personnels des 3 fonctions publiquesLégifrance
- Décret n°86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux agents contractuels de la fonction publique d’ÉtatLégifrance
- Décret n°88-145 du 15 février 1988 relatif aux agents non titulaires de la fonction publique territorialeLégifrance
- Décret n°91-155 du 6 février 1991 relatif aux agents contractuels de la fonction publique hospitalièreLégifrance
- Décret n°2004-777 relatif à la mise en œuvre du temps partiel dans la FPTLégifrance
- Décret n°2010-997 du 26 août 2010 relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'État dans certaines situations de congésLégifrance
- Circulaire du 22 mars 2011 relative au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'État dans certaines situations de congésLégifrance
Sources officielles
- OuvrirService-Public.fr
Congé de maladie du contractuel de la fonction publique
Vérifiée le 2026-10-04
Voir aussi
- Congé de grave maladie du contractuel de la fonction publique
- Congé de longue maladie (CLM) du fonctionnaire
- Congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) du fonctionnaire
- Indemnités journalières pour maladie de la Sécurité sociale
Information à vérifier auprès de l'organisme compétent.
