Vue d'ensemble
Ce qu'il faut savoir
- Le congé de grave maladie est ouvert aux agents contractuels en activité (CDD ou CDI) des trois fonctions publiques : État (FPE), territoriale (FPT), hospitalière (FPH).
- Sa durée maximale est de 3 ans, chaque accord ou renouvellement étant limité à 6 mois maximum.
- La mise en congé est prononcée après avis motivé du conseil médical, saisi sur demande écrite de l'agent et certificat médical sous pli confidentiel.
- Le contractuel perçoit son traitement indiciaire à 100 % pendant 1 an, puis à un taux réduit (50 % ou 60 %) les 2 années suivantes selon la fonction publique d'appartenance.
- Pendant le congé, l'agent reste soumis à des visites de contrôle par médecin agréé et à des contre-visites de la Sécurité sociale ; tout refus suspend le versement de la rémunération.
Conditions essentielles
- Justifier d'une ancienneté minimale : 4 mois pour la FPE, 3 ans pour la FPT et la FPH.
- Souffrir d'une maladie mettant dans l'impossibilité d'exercer son activité, nécessitant un traitement et des soins prolongés, de caractère invalidant et de gravité confirmée.
- La maladie doit être établie par un certificat médical adressé sous pli confidentiel au secrétariat du conseil médical.
- Ne pas se trouver dans l'une des situations où le contractuel n'est pas considéré en activité : congé parental, congé de maladie non rémunéré, congé pour élever un enfant de moins de 12 ans, congé pour suivre son conjoint obligé de déménager pour raisons professionnelles, congé pour convenances personnelles, congé pour créer ou reprendre une entreprise.
Les étapes
- Adresser à l'employeur public une demande de congé de grave maladie accompagnée d'un certificat médical sous pli confidentiel.
- Faire parvenir au secrétariat du conseil médical un résumé des observations médicales et les pièces justificatives.
- Être informé(e) par le secrétariat du conseil médical de la date de réunion, de vos droits (consultation du dossier, observations écrites, accompagnement) et des voies de contestation devant le conseil médical supérieur.
- Recevoir l'avis motivé du conseil médical, puis la décision de mise en congé de l'administration employeur.
- Pour le renouvellement, présenter un certificat médical de prolongation indiquant la durée prévue, sans nouvelle saisine du conseil médical.
- À l'issue du congé, selon l'aptitude constatée par un médecin agréé : reprise de fonctions, congé de maladie non rémunéré, demande de reclassement ou licenciement pour inaptitude physique.
Trois fonctions publiques, une logique commune. Les points de vigilance ne sont pas ici : chacun est traité à sa place, dans la section qui l'explique. Le champ « deplace » conserve la trace.
Cette synthèse ne remplace pas la fiche
Cette synthèse ne couvre pas en détail les règles propres à chaque fonction publique. Les tableaux de rémunération, les conditions de reprise après inaptitude et les textes de référence applicables sont précisés dans les sections suivantes.
Dans quel cas un contractuel est-il placé en congé de grave maladie ?
Le congé de grave maladie est ouvert aux agents contractuels en activité qui justifient d'une ancienneté minimale et souffrent d'une maladie invalidante nécessitant un traitement prolongé. Les règles d'ancienneté diffèrent selon la fonction publique d'appartenance.
Le contractuel doit être en activité et souffrir d'une maladie le mettant dans l'impossibilité d'exercer son activité, nécessitant un traitement et des soins prolongés, et présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée.
- Être en activité, en CDD ou en CDI.
- Souffrir d'une maladie mettant dans l'impossibilité d'exercer son activité, nécessitant un traitement et des soins prolongés, et présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée.
- Pour la FPE : avoir accompli au moins 4 mois de services dans la fonction publique (État, territoriale ou hospitalière).
- Pour la FPT : avoir accompli au moins 3 ans de services auprès de la collectivité qui l'a recruté.
- Pour la FPH : avoir accompli au moins 3 ans de services depuis le 1ᵉʳ recrutement dans l'établissement employeur.
Ancienneté : interruptions prises en compte
- FPE et FPT : en cas d'interruption de fonctions, les services sont pris en compte si l'interruption n'a pas dépassé 4 mois.
- FPH : en cas d'interruption de fonctions, les services sont pris en compte si l'interruption n'a pas dépassé 1 an (involontaire) ou 4 mois (volontaire).
- FPH : les services effectués avant un licenciement pour motif disciplinaire ne sont jamais pris en compte.
À savoir
- Le contractuel n'est pas considéré en activité lorsqu'il se trouve dans l'une des situations suivantes : congé de maladie non rémunéré, congé parental, congé non rémunéré pour adoption, congé non rémunéré pour élever un enfant de moins de 12 ans, congé non rémunéré pour donner des soins à un enfant à charge, à l'époux, au partenaire de Pacs ou à un ascendant à la suite d'un accident ou d'une maladie grave ou atteint d'un handicap nécessitant la présence d'une tierce personne, congé non rémunéré pour suivre l'époux ou le partenaire de Pacs obligé de déménager pour raisons professionnelles, congé non rémunéré pour convenances personnelles, congé non rémunéré pour créer ou reprendre une entreprise.
- Si le contractuel doit cesser ses fonctions pour raison de santé sans justifier de l'ancienneté requise, il est placé en congé de maladie non rémunéré pour une durée maximale d'un an.
- Pendant ce congé de maladie non rémunéré, le contractuel peut percevoir des indemnités journalières de la Sécurité sociale, s'il en remplit les conditions.
Procédure de demande et d'instruction
La demande de congé de grave maladie est à l'initiative de l'agent. Elle est instruite par le conseil médical, qui rend un avis motivé avant la décision de l'administration employeur.
- 1
Adresser la demande à l'employeur public
Le contractuel adresse à son administration employeur une demande de congé de grave maladie, accompagnée d'un certificat médical d'un médecin sous pli confidentiel. L'administration peut avoir mis en place un formulaire de demande : se renseigner auprès de la DRH.
- 2
Transmission du dossier médical au conseil médical
Le médecin traitant adresse directement au secrétariat du conseil médical un résumé de ses observations et tout document justifiant la situation.
- 3
Expertise par un médecin agréé
Lors de l'instruction, le conseil médical peut recourir à l'expertise d'un médecin agréé. En FPT, le contractuel est soumis à l'examen d'un médecin spécialiste agréé compétent pour son affection. Un médecin agréé est un médecin généraliste ou spécialiste figurant sur une liste établie par le préfet dans chaque département, sur proposition de l'Agence régionale de santé, après avis du Conseil départemental de l'ordre des médecins ; il a notamment pour rôle d'effectuer les contre-visites et les expertises.
- 4
Information des droits de l'agent
Le secrétariat du conseil médical informe l'agent de la date de la réunion, de son droit de consulter son dossier, de présenter des observations écrites et de fournir des certificats médicaux, ainsi que de son droit d'être accompagné ou représenté par une personne de son choix à toutes les étapes de la procédure. L'agent est également informé des voies de contestation possibles devant le conseil médical supérieur.
- 5
Audition et avis
L'agent et son administration employeur peuvent faire entendre le médecin de leur choix par le conseil médical. S'il le juge utile, le conseil médical peut demander à entendre l'agent. Le médecin du travail est informé de la réunion : il peut obtenir communication du dossier, présenter des observations écrites ou assister à la réunion sans participer au vote.
- 6
Avis motivé et décision
L'avis du conseil médical est motivé, dans le respect du secret médical, et transmis à l'agent et à l'administration. La mise en congé de grave maladie est prononcée par l'administration employeur après avis du conseil médical.
Délai à retenir
Au moins 10 jours ouvrés avant la date de la réunion du conseil médical (FPE et FPH), le secrétariat informe l'agent de cette date. En FPT, l'agent est invité à prendre connaissance de son dossier dans un délai identique ; la partie médicale peut lui être communiquée, à sa demande ou par l'intermédiaire d'un médecin.
Si le contractuel demande un congé de grave maladie pendant un congé de maladie, il ne bénéficie pas, contrairement aux fonctionnaires, d'une requalification de son congé de maladie en congé de grave maladie. Le congé de grave maladie débute à la date à laquelle il a été accordé, sans effet rétroactif.
Renouvellement du congé
Le renouvellement du congé de grave maladie est prononcé à la demande de l'agent, sans nouvelle saisine du conseil médical.
Le renouvellement est prononcé à la demande du contractuel, sur présentation d'un certificat médical de prolongation, et dans la limite de la durée maximale du congé.
- La demande doit être accompagnée d'un certificat médical du médecin indiquant que le congé initialement accordé doit être prolongé et précisant la durée de cette prolongation.
- Le conseil médical n'est pas saisi pour le renouvellement : l'avis médical rendu lors de la première demande suffit.
Chaque renouvellement est limité à 6 mois maximum. Au-delà, la durée totale du congé ne peut excéder 3 ans.
Durée du congé de grave maladie
La durée du congé de grave maladie est strictement encadrée : chaque accord ou renouvellement est limité à 6 mois, et la durée totale ne peut excéder 3 ans.
| Caractéristique | Durée applicable |
|---|---|
| Durée maximale du congé | 3 ans |
| Durée de chaque accord ou renouvellement | 6 mois maximum |
| Nouveau congé après un congé de 3 ans | Possible à condition d'avoir repris ses fonctions pendant au moins 1 an |
Le congé de grave maladie débute à la date à laquelle il a été accordé, sans effet rétroactif. Il ne peut pas être requalifié à partir d'un congé de maladie antérieur.
Rémunération pendant le congé
Le contractuel perçoit son traitement indiciaire à 100 % pendant un an, puis à un taux réduit les deux années suivantes. Les règles diffèrent selon la fonction publique d'appartenance.
| Élément de rémunération | FPE | FPT | FPH |
|---|---|---|---|
| Traitement indiciaire | 100 % pendant 1 an, puis 60 % les 2 années suivantes | 100 % pendant 1 an, puis 50 % les 2 années suivantes | 100 % pendant 1 an, puis 50 % les 2 années suivantes |
| Indemnité de résidence | 100 % pendant la durée du congé | 100 % pendant toute la durée du congé | 100 % pendant toute la durée du congé |
| Supplément familial de traitement (SFT) | 100 % pendant la durée du congé | 100 % pendant toute la durée du congé | 100 % pendant toute la durée du congé |
| Primes et indemnités | 33 % pendant 1 an, puis 60 % les 2 années suivantes | Conditions fixées par délibération de la collectivité | 100 % pendant 1 an, puis 50 % les 2 années suivantes (indemnité de sujétion spéciale) |
Traitement indiciaire
- FPE
- 100 % pendant 1 an, puis 60 % les 2 années suivantes
- FPT
- 100 % pendant 1 an, puis 50 % les 2 années suivantes
- FPH
- 100 % pendant 1 an, puis 50 % les 2 années suivantes
Indemnité de résidence
- FPE
- 100 % pendant la durée du congé
- FPT
- 100 % pendant toute la durée du congé
- FPH
- 100 % pendant toute la durée du congé
Supplément familial de traitement (SFT)
- FPE
- 100 % pendant la durée du congé
- FPT
- 100 % pendant toute la durée du congé
- FPH
- 100 % pendant toute la durée du congé
Primes et indemnités
- FPE
- 33 % pendant 1 an, puis 60 % les 2 années suivantes
- FPT
- Conditions fixées par délibération de la collectivité
- FPH
- 100 % pendant 1 an, puis 50 % les 2 années suivantes (indemnité de sujétion spéciale)
Pendant le congé, le contractuel a droit aux indemnités journalières pour maladie (IJ) de la Sécurité sociale. Leur montant est déduit du montant du traitement indiciaire (FPE) ou du plein ou demi-traitement (FPT, FPH) qui lui est dû. En pratique, l'employeur public verse la totalité du traitement indiciaire dû et se fait rembourser par la Sécurité sociale le montant des IJ, lorsque le montant du traitement indiciaire dû est au moins égal au montant des IJ.
À savoir
- En FPT et FPH : le contractuel doit communiquer le montant des IJ perçues de la CPAM à son employeur public pour que celui-ci verse le traitement indiciaire en complément, à hauteur du plein ou du demi-traitement. L'employeur peut suspendre le versement du traitement jusqu'à la transmission de cette information.
- Les honoraires et frais médicaux (examens demandés par l'administration, médecin agréé, frais de transport éventuels) sont pris en charge par l'administration. La prise en charge des frais de transport est subordonnée à la présentation de justificatifs permettant de vérifier qu'ils sont nécessaires et en lien avec les examens médicaux réalisés.
Obligations du contractuel en congé
Pendant le congé de grave maladie, le contractuel reste soumis à des visites de contrôle et à des obligations à l'égard de son employeur et de la CPAM. Le non-respect de ces obligations peut suspendre le versement de la rémunération.
- Suivre les prescriptions du médecin.
- Se soumettre aux visites médicales de contrôle demandées par la Sécurité sociale.
- Ne pas exercer d'activité non autorisée.
- Informer sans délai sa CPAM de toute reprise d'activité avant la fin de l'arrêt de travail.
- Informer sans délai son administration employeur et sa CPAM de tout changement de domicile.
À savoir
- Le contractuel peut être soumis à tout moment, pendant le congé, à une visite de contrôle par un médecin agréé. En cas de refus, la rémunération n'est plus versée.
- En cas de contestation de l'avis du médecin agréé par l'agent ou par l'administration, le conseil médical peut être saisi.
- L'administration peut faire procéder au contrôle administratif de l'arrêt de travail par toute personne habilitée : ce contrôle porte sur la présence au domicile ou au lieu de repos (s'il est différent) lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou pendant les heures de présence obligatoire indiquées par le médecin sur l'arrêt de travail.
- En cas d'absence injustifiée ou de refus de se soumettre au contrôle administratif, le versement de la rémunération est interrompu jusqu'à la date de fin de l'arrêt de travail. Les périodes pendant lesquelles le versement est interrompu comptent dans la période de congé en cours.
Effets sur la situation administrative
Le congé de grave maladie est pris en compte pour le calcul de l'ancienneté et l'ouverture de certains droits. Il ne donne pas droit à des jours de RTT et n'est pas sans effet sur les congés annuels.
- Le congé est pris en compte dans le calcul de la durée de services exigée pour demander un temps partiel et pour bénéficier de nombreux congés : congés annuels, congé de maternité ou d'adoption, congé de 3 jours pour naissance ou adoption, congé de paternité et d'accueil de l'enfant, congé supplémentaire de naissance, congé de maladie, congé pour accident du travail ou maladie professionnelle, congé parental, congé de solidarité familiale, congé pour élever un enfant de moins de 12 ans, congé de présence parentale, congé de proche aidant, congé pour convenances personnelles, congé pour créer ou reprendre une entreprise, congé pour formation professionnelle, congé pour validation des acquis de l'expérience, congé pour bilan de compétences.
- Les autres congés ne font pas perdre l'ancienneté acquise avant leur attribution.
- Le congé est pris en compte pour calculer l'ancienneté exigée pour le réexamen de la rémunération et pour déterminer les droits à formation.
- Le congé est pris en compte pour calculer l'ancienneté exigée pour se présenter aux concours internes et lors du classement en cas de réussite à un concours d'accès à un corps ou un cadre d'emplois de la fonction publique.
À savoir
- Les périodes de congé de grave maladie ne donnent pas droit à des RTT.
- Si le contractuel ne peut pas bénéficier de ses congés annuels en raison du congé de grave maladie, une partie de ses congés annuels peut être reportée, sous certaines conditions.
- Le contractuel peut demander à réaliser ou poursuivre une formation ou un bilan de compétences en vue de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. La demande est soumise à l'avis favorable du conseil médical ; l'administration employeur se prononce dans un délai de 30 jours.
Fin du congé : apte à reprendre ses fonctions
À l'issue du congé de grave maladie, le contractuel apte à reprendre ses fonctions est réemployé dans la mesure permise par le service, ou bénéficie d'une priorité pour un emploi similaire.
Le contractuel apte à reprendre ses fonctions est réemployé sur son emploi précédent, dans la mesure permise par le service.
Si le réemploi sur l'emploi précédent est impossible
- FPE et FPT : le contractuel est prioritaire pour être réemployé sur un emploi similaire assorti d'une rémunération équivalente.
- FPH : si l'emploi précédent ne peut pas être réattribué, le contractuel est licencié et dispose d'une priorité de réemploi dans son établissement pour exercer des fonctions similaires assorties d'une rémunération équivalente.
Fin du congé : inaptitude temporaire
Si le contractuel est temporairement inapte à la reprise à l'issue des 3 ans de congé de grave maladie, il est placé en congé de maladie non rémunéré, prolongeable sous conditions.
En cas d'inaptitude temporaire à la reprise des fonctions antérieures à la fin du congé de grave maladie de 3 ans, le contractuel est placé en congé de maladie non rémunéré pour une durée maximale d'un an.
À savoir
- Ce congé non rémunéré d'un an peut être prolongé de 6 mois s'il résulte d'un avis médical que le contractuel sera susceptible de reprendre ses fonctions à la fin de cette période complémentaire.
- Pendant ce congé non rémunéré, le contractuel a droit aux allocations chômage.
- À la fin du congé de maladie non rémunéré, si le contractuel est apte à reprendre ses fonctions, il est réemployé sur son emploi précédent dans la mesure permise par le service ; sinon, il est prioritaire pour un emploi similaire à rémunération équivalente.
Si la durée du congé non rémunéré est égale ou supérieure à 1 an, le contractuel ne peut être réemployé que sur demande écrite, par lettre recommandée avec accusé de réception, adressée au moins 1 mois avant la fin du congé. En l'absence d'une telle demande dans le délai imparti, le contractuel est considéré comme démissionnaire.
Fin du congé : inaptitude définitive
Si l'inaptitude à occuper l'emploi est définitive, le contractuel peut demander à être reclassé ; à défaut de reclassement possible, il est licencié pour inaptitude physique.
À la fin du congé de maladie non rémunéré, ou directement à la fin du congé de grave maladie, s'il est médicalement constaté par un médecin agréé que le contractuel est définitivement inapte à occuper son emploi, il peut demander à être reclassé.
- La demande de reclassement est examinée si le contractuel a été recruté sur un emploi permanent en CDI, ou en CDD si la fin du CDD est postérieure à la date de la demande de reclassement.
- En CDD, l'emploi de reclassement est proposé pour la période restant à courir avant la fin du CDD.
À savoir
- Si le reclassement n'est pas possible, le contractuel est licencié pour inaptitude physique.
- La demande de reclassement est à l'initiative du contractuel : l'administration employeur n'est pas tenue de la proposer d'office.
Textes applicables
- Décret n°86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux agents contractuels de la fonction publique d’ÉtatLégifrance
- Décret n°88-145 du 15 février 1988 relatif aux agents non titulaires de la fonction publique territorialeLégifrance
- Décret n°91-155 du 6 février 1991 relatif aux agents contractuels de la fonction publique hospitalièreLégifrance
- Décret n°2004-777 relatif à la mise en œuvre du temps partiel dans la FPTLégifrance
- Décret n°2010-997 du 26 août 2010 relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'État dans certaines situations de congésLégifrance
- Décret n°2020-741 du 16 juin 2020 relatif au régime particulier d'assurance chômage applicable à certains agents publics et salariés du secteur publicLégifrance
Sources officielles
- OuvrirService-Public.fr
Congé de grave maladie du contractuel de la fonction publique
Vérifiée le 2026-10-04
Voir aussi
Information à vérifier auprès de l'organisme compétent.

