Vue d'ensemble
Ce qu'il faut savoir
- Un jour de carence s'applique à chaque arrêt de travail : c'est un jour non rémunéré, la rémunération courant à partir du 2e jour de congé de maladie.
- Le traitement indiciaire, les primes et indemnités, l'indemnité de résidence et la nouvelle bonification indiciaire (NBI) ne sont pas versés le 1er jour.
- Le jour de carence ne s'applique pas lors d'un 2e congé prolongeant l'arrêt précédent dans un délai de 48 heures, ni pendant 3 ans à compter du 1er congé lié à une même affection de longue durée (ALD).
- Le jour de carence s'applique différemment au fonctionnaire et au contractuel : les congés spécifiques dispensés de carence ne sont pas les mêmes.
Conditions essentielles
- L'agent est fonctionnaire ou contractuel en activité dans une administration relevant de l'État, de la fonction publique territoriale ou de la fonction publique hospitalière.
- Le maintien du traitement obéit à un barème propre : 90 % du traitement indiciaire brut pendant 3 mois, puis la moitié pendant 9 mois.
- En cas d'affection de longue durée, le médecin prescripteur de l'arrêt de travail coche la case prévue dans le volet n°2 du certificat d'arrêt de travail.
Les étapes
- Vérifier si le nouvel arrêt prolonge l'arrêt précédent dans un délai de 48 heures décompté en jours calendaires.
- Vérifier si l'affection est une ALD et si moins de 3 ans se sont écoulés depuis le 1er congé de maladie lié à cette même affection.
- Vérifier si le congé relève de l'un des congés spécifiques dispensés de jour de carence.
- Comparer le traitement effectivement versé au barème applicable à sa fonction publique d'appartenance.
- Demander les indemnités journalières de la Sécurité sociale, dont le versement démarre à partir du 4e jour d'arrêt.
Oui, il existe un jour de carence : c'est le prix d'entrée de chaque arrêt de maladie. Les points de vigilance — la liste des éléments qui restent versés, le barème propre au contractuel territorial et hospitalier, le sort des indemnités journalières — ne sont pas ici. Le champ « deplace » conserve la trace.
Cette synthèse ne remplace pas la fiche
Cette synthèse ne couvre pas la liste intégrale des congés spécifiques dispensés de carence, ni le détail du barème applicable au contractuel de la fonction publique de l'État. Ces points sont traités plus bas.
Le principe du jour de carence
Lorsqu'un agent public est en congé de maladie, il est appliqué, lors de chaque arrêt de travail, un jour de carence, c'est-à-dire un jour non rémunéré. Ce jour de carence s'applique différemment selon que l'agent est fonctionnaire ou contractuel.
L'agent est rémunéré à partir du 2e jour de congé de maladie.
Règle
Le traitement indiciaire et les primes et indemnités ne sont pas versés le 1er jour de congé de maladie.
- Indemnité de résidence
- Si l'agent en perçoit une, cet élément de rémunération ne lui est pas versé le 1er jour.
- Nouvelle bonification indiciaire (NBI)
- Si l'agent en bénéficie, la NBI ne lui est pas versée non plus.
Le jour de carence ne s'applique pas dans plusieurs cas : la prolongation du congé dans les 48 heures, l'affection de longue durée, et une liste de congés spécifiques qui diffèrent selon le statut de l'agent. Ces trois exceptions sont détaillées dans les sections suivantes.
Les éléments de rémunération qui restent versés
Certains éléments de rémunération continuent d'être versés pendant le jour de carence, si l'agent y a droit. La source officielle en donne la liste exhaustive, identique pour le fonctionnaire et pour le contractuel.
- Supplément familial de traitement (SFT).
- Remboursement de frais.
- Primes et indemnités liées au changement de résidence, à la primo affectation, à la mobilité géographique et aux restructurations.
- Primes et indemnités liées à l'organisation du travail.
- Avantages en nature.
- Indemnités d'enseignement ou de jury et autres indemnités non directement liées à l'emploi, dès lors que le service a été fait.
- Part ou intégralité des primes et indemnités dont la modulation est fonction des résultats et de la manière de servir.
- Versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique.
- Prise en charge partielle du prix des titres de transport domicile - lieu de travail.
Ces éléments sont maintenus à condition que l'agent y ait effectivement droit. Le jour de carence n'affecte que le traitement indiciaire, les primes et indemnités qui n'en font pas partie, l'indemnité de résidence et la nouvelle bonification indiciaire.
La prolongation du congé dans les 48 heures
Le jour de carence ne s'applique pas lors du 2e congé de maladie, lorsque la reprise du travail entre les 2 congés de maladie pour la même affection n'a pas dépassé 48 heures.
Le délai de 48 heures, décompté en jours calendaires, commence à courir à partir du 1er jour qui suit le dernier jour de l'arrêt de travail initial.
- Le nouvel arrêt de travail prolonge l'arrêt précédent.
- Le médecin prescripteur a coché la case prolongation.
Reprise interrompue 1 ou 2 jours plus tard
L'agent tente de reprendre ses fonctions et se trouve dans l'obligation de s'arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard. Le nouvel arrêt prescrit prolonge l'arrêt précédent et le médecin prescripteur a coché la case prolongation.
Consultation impossible un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end
L'agent n'a pas pu consulter son médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end, pour des raisons indépendantes de sa volonté. Le nouvel arrêt prescrit prolonge l'arrêt précédent et le médecin prescripteur a coché la case prolongation.
Dans ces deux cas, le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation, puisqu'il n'y a pas eu disparition de la cause de l'arrêt initial.
L'affection de longue durée (ALD)
Le jour de carence ne s'applique pas en cas de congés de maladie accordés après un 1er congé de maladie pour une même affection de longue durée (ALD), pendant une période de 3 ans à partir du 1er congé de maladie.
En cas d'arrêts de travail successifs liés à une même ALD, le délai de carence ne s'applique qu'une seule fois au cours d'une même période de 3 ans à partir du 1er arrêt de travail lié à cette ALD.
- La période de 3 ans est calculée de date à date.
- Le médecin prescripteur de l'arrêt de travail établit le lien entre l'arrêt et l'ALD.
- Le médecin prescripteur coche la case prévue pour cela dans le volet n°2 du certificat d'arrêt de travail.
À savoir
- Si l'agent souffre d'ALD différentes, le délai de carence s'applique, par période de 3 ans, pour le 1er congé de maladie engendré par chacune des ALD.
Une affection de longue durée est une maladie grave et/ou chronique ouvrant droit à une prise en charge à 100 % par l'assurance maladie.
Les congés spécifiques du fonctionnaire
Le jour de carence ne s'applique pas lors des congés suivants, applicable au fonctionnaire.
- Congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis).
- Congé de longue maladie (CLM).
- Congé de longue durée (CLD).
- Congé de maladie accordé après une déclaration de grossesse et avant le début du congé de maternité.
- Congé de maternité et congés supplémentaires accordés en cas de grossesse pathologique.
- Congé de maladie faisant suite à une interruption spontanée de grossesse (fausse couche) ayant eu lieu avant la 22e semaine d'aménorrhée.
- Congé de maladie faisant suite à une interruption de grossesse pratiquée pour motif médical.
- 1er congé de maladie intervenant au cours des 13 semaines à partir du décès de votre enfant âgé de moins de 25 ans, ou d'une personne âgée de moins de 25 ans dont vous aviez la charge effective et permanente.
- Congé de maladie en raison d'infirmités résultant de blessures ou de maladie contractées ou aggravées soit en service, soit en accomplissant un acte de dévouement dans un intérêt public, soit en exposant ses jours pour sauver la vie d'une ou plusieurs personnes.
Cette liste est propre au fonctionnaire. Le contractuel dispose d'une liste différente, détaillée dans la section suivante.
Les congés spécifiques du contractuel
Le jour de carence ne s'applique pas lors des congés suivants, applicable au contractuel.
- Congé pour accident du travail ou maladie professionnelle.
- Congé de grave maladie.
- Congé de maladie accordé après une déclaration de grossesse et avant le début du congé de maternité.
- Congé de maternité et congés supplémentaires accordés en cas de grossesse pathologique.
- Congé de maladie faisant suite à une interruption spontanée de grossesse (fausse couche) ayant eu lieu avant la 22e semaine d'aménorrhée.
- Congé de maladie faisant suite à une interruption de grossesse pratiquée pour motif médical.
- 1er congé de maladie intervenant au cours des 13 semaines à partir du décès de votre enfant âgé de moins de 25 ans, ou d'une personne âgée de moins de 25 ans dont vous aviez la charge effective et permanente.
- Congé de maladie en raison d'infirmités résultant de blessures ou de maladie contractées ou aggravées soit en service, soit en accomplissant un acte de dévouement dans un intérêt public, soit en exposant ses jours pour sauver la vie d'une ou plusieurs personnes.
La différence avec la liste du fonctionnaire porte sur les deux premiers congés : le contractuel est dispensé de carence pour le congé pour accident du travail ou maladie professionnelle et pour le congé de grave maladie, là où le fonctionnaire l'est pour le Citis, le CLM et le CLD. Les six autres congés sont communs aux deux statuts.
Le maintien du traitement pendant le congé
Le maintien du traitement obéit à des règles distinctes du jour de carence. Il varie selon la fonction publique d'appartenance : État (FPE), territoriale (FPT), hospitalière (FPH).
Quelle que soit la fonction publique d'appartenance — État, territoriale ou hospitalière — l'agent perçoit 90 % de son traitement indiciaire brut pendant 3 mois de congé de maladie, puis la moitié de son traitement indiciaire pendant 9 mois.
- Pour le contractuel de la fonction publique de l'État (FPE), le congé de maladie est rémunéré par l'administration employeur pendant 12 mois consécutifs en cas d'arrêts de travail continus, ou pendant 300 jours en cas d'arrêts de travail continus, à condition de justifier d'au moins 4 mois de services.
- L'agent justifie d'au moins 4 mois de services pour bénéficier d'un congé de maladie rémunéré par son administration employeur dans la FPE.
À savoir
- Si l'agent doit cesser ses fonctions pour raison de santé sans avoir droit à un congé de maladie rémunéré par son administration employeur, il est placé en congé non rémunéré.
- Le contractuel territorial et le contractuel hospitalier sont rémunérés selon leur ancienneté, et non selon le barème 90 % / moitié : voir le barème détaillé dans la section suivante.
Le barème 90 % pendant 3 mois puis la moitié pendant 9 mois s'applique à l'ensemble des trois fonctions publiques. Toutefois, le maintien effectif du traitement dépend du statut de l'agent et de son ancienneté, ainsi que des conditions d'ouverture du congé.
Le barème du contractuel territorial et hospitalier
Le congé de maladie du contractuel de la fonction publique territoriale (FPT) et de la fonction publique hospitalière (FPH) est rémunéré différemment selon l'ancienneté. Le barème est identique dans ces deux fonctions.
Le contractuel peut bénéficier de congés de maladie pendant 12 mois consécutifs en cas d'arrêts de travail continus, ou pendant 300 jours en cas d'arrêts de travail continus.
| Ancienneté | Durée de maintien du traitement indiciaire |
|---|---|
| Après 4 mois de services | 30 jours à 90 % et 30 jours à ½ traitement |
| Après 2 ans de services | 60 jours à 90 % et 60 jours à ½ traitement |
| Après 3 ans de services | 90 jours à 90 % et 90 jours à ½ traitement |
Si l'agent doit cesser ses fonctions pour raison de santé sans avoir droit à un congé de maladie rémunéré par son administration employeur, il est placé en congé non rémunéré.
Les indemnités journalières de la Sécurité sociale
Que l'agent soit placé en congé de maladie rémunéré par son administration employeur ou en congé non rémunéré, il a droit à des indemnités journalières de la Sécurité sociale s'il remplit les conditions pour en bénéficier.
Délai à retenir
Les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont versées à partir du 4e jour d'arrêt, c'est-à-dire après un délai de carence de 3 jours.
Règle
Lorsque l'agent est rémunéré par son administration employeur, les indemnités journalières sont déduites du montant de son traitement indiciaire.
Ce délai de carence de 3 jours est distinct du jour de carence de l'agent public : il s'applique aux indemnités journalières de la Sécurité sociale, non au traitement. Les deux dispositifs se cumulent, mais le second vient en déduction du premier.
Définitions
Deux termes reviennent dans les règles ci-dessus et sont définis par la source officielle.
- Jour calendaire
- Correspond à la totalité des jours du calendrier de l'année civile, du 1er janvier au 31 décembre, y compris les jours fériés ou chômés.
- Affection de longue durée (ALD)
- Maladie grave et/ou chronique ouvrant droit à une prise en charge à 100 % par l'assurance maladie. Exemples : diabète, cancer, mucoviscidose, infection par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH).
Textes applicables
- Loi n°2017-1837 du 30 décembre 2017 de finances pour 2018 : article 115Légifrance
- Circulaire du 15 février 2018 relative au non versement de la rémunération au titre du premier jour de congé de maladie des agents publics civils et militairesLégifrance
- Arrêt du Conseil d'État n°401858 du 6 avril 2018Légifrance
- Code de la sécurité sociale : article D160-4Légifrance
Sources officielles
- OuvrirService-Public.fr
Y-a-t-il un délai de carence en cas de maladie dans la fonction publique ?
Vérifiée le 2026-10-04
Voir aussi
- Le principe du jour de carence
- Les éléments de rémunération qui restent versés
- La prolongation du congé dans les 48 heures
- L'affection de longue durée (ALD)
- Les congés spécifiques du fonctionnaire
- Les congés spécifiques du contractuel
- Le maintien du traitement pendant le congé
- Le barème du contractuel territorial et hospitalier
- Les indemnités journalières de la Sécurité sociale
- Définitions
Information à vérifier auprès de l'organisme compétent.


