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Inaptitude physique du fonctionnaire stagiaire : quelles conséquences ?

Si vous êtes fonctionnaire stagiaire et inapte à exercer vos fonctions à la fin de vos droits à congé de maladie, vous pouvez être placé en congé non rémunéré en cas d'inaptitude temporaire, ou licencié en cas d'inaptitude définitive. Les règles diffèrent légèrement selon votre fonction publique d'appartenance.

Vue d'ensemble

Ce qu'il faut retenir sur les conséquences de l'inaptitude physique du fonctionnaire stagiaire : congé non rémunéré, licenciement et rente.

Ce qu'il faut savoir

  • L'inaptitude physique du fonctionnaire stagiaire est appréciée à la fin de vos droits à congé de maladie.
  • En cas d'inaptitude temporaire, vous pouvez être placé en congé non rémunéré pour une période maximale d'un an renouvelable 2 fois.
  • En cas d'inaptitude définitive et absolue, vous êtes licencié.
  • Le placement en congé non rémunéré et le licenciement sont prononcés après avis du conseil médical.
  • À la fin du congé non rémunéré, vous êtes réintégré sur votre poste de travail.
  • Si vous êtes titulaire dans un autre corps, il est mis fin à votre détachement pour stage et vous êtes remis à la disposition de votre administration d'origine.
  • Si l'inaptitude est consécutive à un accident de travail ou une maladie professionnelle, vous avez droit à une rente d'invalidité.

Conditions essentielles

  • Être fonctionnaire stagiaire (FPE, FPT ou FPH).
  • Être inapte à reprendre vos fonctions à la fin de vos droits à congé de maladie.
  • Avoir épuisé les congés préalables (congé de maladie, CLM, CLD ou Citis selon les cas).
  • Obtenir l'avis du conseil médical avant le placement en congé non rémunéré ou le licenciement.

Les étapes

  • Épuiser vos droits aux congés de maladie (congé de maladie, CLM, CLD ou Citis).
  • Faire constater votre inaptitude à reprendre vos fonctions.
  • Saisir le conseil médical pour avis sur l'inaptitude.
  • En cas d'inaptitude temporaire : être placé en congé non rémunéré (1 an renouvelable 2 fois).
  • À la fin du congé non rémunéré : être réintégré sur votre poste.
  • En cas d'inaptitude définitive : être licencié, ou remis à la disposition de votre administration d'origine si vous êtes titulaire dans un autre corps.
  • Si inaptitude due à un accident du travail : demander la rente d'invalidité.

Cette synthèse reprend les règles communes aux trois fonctions publiques. Les particularités propres à l'État (FPE), à la fonction publique territoriale (FPT) et à la fonction publique hospitalière (FPH) sont détaillées dans la section « Particularités par fonction publique ».

Cette synthèse ne remplace pas la fiche

Pour le détail des congés préalables, voir la section « Congés préalables épuisés avant le placement ». Pour les différences entre les trois fonctions publiques, voir « Particularités par fonction publique ».

Inaptitude temporaire : congé non rémunéré

Lorsque le fonctionnaire stagiaire est inapte à reprendre ses fonctions de façon temporaire, il peut être placé en congé non rémunéré après épuisement de ses droits à congé de maladie.

Lorsque vous êtes inapte à reprendre vos fonctions à la fin de vos droits à congé de maladie, vous pouvez être placé en congé non rémunéré pour une période maximale d'un an renouvelable 2 fois. Ce dispositif vise à ménager le fonctionnaire stagiaire en lui accordant un délai pour tenter de reprendre son activité.

Le congé non rémunéré est une interruption de fonctions pendant laquelle le fonctionnaire stagiaire ne perçoit plus de traitement. Il ne s'agit pas d'un licenciement, mais d'une suspension provisoire du contrat de stage. À la fin de ce congé, vous êtes réintégré sur votre poste de travail.

Règle

Votre mise en congé non rémunéré et son renouvellement sont prononcés après avis du conseil médical. Sans cet avis, l'administration ne peut pas procéder au placement. Pendant le congé non rémunéré, vous pouvez bénéficier d'un temps partiel pour raison thérapeutique, sauf si votre stage comporte un enseignement professionnel ou doit être accompli dans un établissement de formation. Le temps partiel thérapeutique permet une reprise progressive de l'activité, sous surveillance médicale, et constitue une étape intermédiaire entre le congé et la reprise à plein temps.

  • Période initiale : 1 an de congé non rémunéré.
  • Renouvellement possible : 2 fois (soit 3 ans au total).
  • En FPT : renouvellement une 3ᵉ fois possible si le conseil médical estime que vous serez apte au cours de la 4ᵉ année.
  • À la fin du congé : réintégration sur le poste de travail.
  • Temps partiel thérapeutique possible pendant le congé, sauf stage avec enseignement ou établissement de formation.

Le congé non rémunéré ne compte pas dans l'ancienneté administrative ni dans le calcul des droits à retraite, sauf dispositions particulières de votre statut. Le fonctionnaire stagiaire placé en congé non rémunéré conserve la qualité de fonctionnaire stagiaire et peut, s'il reprend ses fonctions, poursuivre son stage là où il l'avait laissé. Si, à l'issue des trois années de congé non rémunéré, vous êtes toujours inapte de façon temporaire, l'administration peut passer à la phase suivante : le licenciement pour inaptitude définitive, après un nouvel avis du conseil médical.

Inaptitude définitive : licenciement

Lorsque le fonctionnaire stagiaire est dans l'impossibilité définitive et absolue de reprendre ses fonctions, il est licencié.

Lorsque vous êtes dans l'impossibilité définitive et absolue de reprendre vos fonctions à la fin de vos droits à congé de maladie, vous êtes licencié. Ce licenciement fait suite à l'épuisement de l'ensemble des congés de maladie prévus par votre statut.

Le licenciement pour inaptitude physique n'est pas une sanction : il est fondé sur l'impossibilité médicale pour le fonctionnaire stagiaire d'exercer ses fonctions. Votre inaptitude définitive est prononcée après avis du conseil médical, qui certifie l'impossibilité définitive et absolue de reprendre le service.

Règle

Si vous êtes titulaire dans un autre corps ou cadre d'emplois, il est mis fin à votre détachement pour stage et vous êtes remis à la disposition de votre administration d'origine. Votre administration d'origine examine alors les possibilités de vous affecter sur un poste adapté à vos capacités physiques, ou vous place en retraite pour invalidité.

Le licenciement ouvre droit à des indemnités dans les conditions prévues par votre statut. Les modalités exactes dépendent de votre situation personnelle et de la nature de votre stage.

Congés préalables épuisés avant le placement

Le placement en congé non rémunéré ou le licenciement n'intervient qu'après l'épuisement de plusieurs congés de maladie successifs.

Le placement en congé non rémunéré (inaptitude temporaire) ou le licenciement (inaptitude définitive) peut intervenir lorsque vous avez épuisé vos droits aux congés suivants.

Les congés concernés sont le congé de maladie d'un an, le congé de longue maladie (CLM) de 3 ans, le congé de longue durée (CLD) de 5 ans, et le congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis) de 5 ans (si vous n'êtes pas fonctionnaire titulaire dans un autre corps ou cadre d'emplois). Pour le licenciement, le congé de maladie non rémunéré de 3 ans (ou 4 ans en FPT et FPH) entre également en ligne de compte.

Règle

Ces congés se succèdent dans un ordre déterminé par le statut général de la fonction publique : congé de maladie ordinaire, puis CLM, puis CLD. Chaque congé a une durée maximale propre et ne peut être ouvert que si les droits aux congés précédents sont épuisés.

  • Congé de maladie : durée maximale de 1 an.
  • Congé de longue maladie (CLM) : durée maximale de 3 ans.
  • Congé de longue durée (CLD) : durée maximale de 5 ans.
  • Citis (invalidité temporaire imputable au service) : durée maximale de 5 ans, sous réserve de ne pas être titulaire dans un autre corps.
  • Congé de maladie non rémunéré : 3 ans (ou 4 ans en FPT et FPH), pour le licenciement.

Le Citis est ouvert en cas de maladie ou d'accident survenu dans l'exercice des fonctions. Il se distingue du congé de maladie ordinaire par son origine professionnelle.

Particularités par fonction publique (État, territoriale, hospitalière)

Les règles de fond sont identiques pour les trois fonctions publiques, mais quelques différences de détail existent, notamment sur la durée du congé non rémunéré et sur l'organisme qui verse la rente.

Les règles d'inaptitude temporaire et définitive du fonctionnaire stagiaire sont communes aux trois fonctions publiques : fonction publique d'État (FPE), fonction publique territoriale (FPT) et fonction publique hospitalière (FPH).

En FPE, le congé de maladie non rémunéré est de 3 ans et la rente est versée par l'administration qui vous employait. En FPT, le conseil médical peut autoriser un renouvellement supplémentaire du congé non rémunéré (3ᵉ renouvellement) s'il estime que vous serez apte au cours de la 4ᵉ année ; le congé de maladie non rémunéré est de 3 ou 4 ans et la rente est versée par la collectivité qui vous employait. En FPH, le congé de maladie non rémunéré est également de 3 ou 4 ans et la rente est versée par l'établissement qui vous employait.

Règle

Malgré ces différences de détail, la logique est identique : inaptitude temporaire → congé non rémunéré → réintégration ; inaptitude définitive → licenciement (ou remise à la disposition de l'administration d'origine si titulaire dans un autre corps).

  • État (FPE)

    Congé non rémunéré
    3 ans
    Renouvellement
    2 renouvellements (1 an chacun)
    Versement de la rente AT/MP
    Administration employeuse
  • Territoriale (FPT)

    Congé non rémunéré
    3 ou 4 ans
    Renouvellement
    2 renouvellements + 1 possible (4ᵉ année)
    Versement de la rente AT/MP
    Collectivité employeuse
  • Hospitalière (FPH)

    Congé non rémunéré
    3 ou 4 ans
    Renouvellement
    2 renouvellements
    Versement de la rente AT/MP
    Établissement employeur

Les différences entre les trois fonctions publiques portent sur des détails de durée et d'organisme payeur. Le cœur du régime (avis du conseil médical, congé non rémunéré, réintégration ou licenciement) est identique.

Rente d'invalidité en cas d'accident du travail

Si l'inaptitude physique du fonctionnaire stagiaire est consécutive à un accident du travail ou une maladie professionnelle, une rente d'invalidité peut être versée.

Si votre inaptitude physique est consécutive à un accident de travail ou une maladie professionnelle, vous avez droit à une rente d'invalidité. Ce droit est indépendant du licenciement et s'ajoute aux autres prestations de la Sécurité sociale.

Le montant de la rente est fixé dans les mêmes conditions qu'au régime général de la Sécurité sociale. Le taux d'incapacité pris en compte pour le calcul de la rente est déterminé par le conseil médical, qui certifie le taux d'incapacité permanente résultant de l'accident ou de la maladie professionnelle.

Règle

La rente vous est versée par l'administration (FPE), la collectivité (FPT) ou l'établissement (FPH) qui vous employait en tant que fonctionnaire stagiaire. Le versement est mensuel et prend fin en principe à votre décès, sauf pension de réversion.

La reconnaissance de l'origine professionnelle de l'inaptitude ouvre droit à la rente, même si le fonctionnaire stagiaire est par ailleurs licencié pour inaptitude définitive. Les deux procédures sont indépendantes.

Rôle du conseil médical

Le conseil médical joue un rôle central dans la reconnaissance de l'inaptitude et dans les décisions d'inaptitude temporaire ou définitive.

Le conseil médical est l'instance compétente pour se prononcer sur l'aptitude du fonctionnaire stagiaire à reprendre ses fonctions. Son avis est obligatoire avant tout placement en congé non rémunéré ou tout licenciement pour inaptitude physique.

Le conseil médical est composé de médecins inspecteurs de la santé publique ou de médecins du service de santé au travail compétent. Il examine le fonctionnaire stagiaire, étudie son dossier médical et rend un avis sur : l'inaptitude temporaire ou définitive, la durée du congé non rémunéré, et le taux d'incapacité en cas d'accident du travail.

Règle

L'administration est tenue de suivre l'avis du conseil médical, sauf en cas de décision contraire motivée (dans certains cas prévus par le statut). Le fonctionnaire stagiaire peut contester l'avis du conseil médical selon les procédures prévues par son statut.

Le conseil médical joue un rôle similaire à celui du médecin du travail dans le secteur privé : il protège la santé du fonctionnaire et garantit que les décisions d'inaptitude reposent sur un examen médical contradictoire.

Textes applicables

Sources officielles

  • Service-Public.fr

    Inaptitude physique du fonctionnaire stagiaire : quelles conséquences ?

    Vérifiée le 2026-10-04

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Voir aussi

    Les durées de congés (1 an renouvelable 2 fois pour le congé non rémunéré, 3 ans pour le CLM, 5 ans pour le CLD et le Citis) sont celles en vigueur à la date de vérification de la fiche source. Vérifier leur actualité auprès de votre administration ou du conseil médical.

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